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anyachan木蟲 (小有名氣)
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amber中跑完的結(jié)果放在gromacs中跑可以嗎？ 已有1人參與
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是這樣的，我用amber中amber99SB力場(chǎng)跑完的結(jié)果可以在gromacs中再跑嗎？如果可以需要怎么處理嗎？ 因?yàn)樵趃romacs打算加膜，用gromos力場(chǎng)，所以有殘基名不識(shí)別，HIE要改為HIS這樣，請(qǐng)問需要怎么修改��？謝謝！ |
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awaken2013
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2樓2015-01-20 17:28:31
anyachan
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3樓2015-01-22 21:25:44
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磷脂力場(chǎng)非常多。要考慮兩個(gè)問題，一個(gè)是兼容什么力場(chǎng)，一個(gè)是兼容什么程序（否則得自己編寫參數(shù)或拓?fù)湮募�，略麻煩點(diǎn)）。以下是我以前隨便寫的磷脂力場(chǎng)的總結(jié)（如果你在gmx里用amber力場(chǎng)模擬，用slipids為宜）： Gromos96：rtp本身自帶了DPPC參數(shù)，結(jié)果不好。 CHARMM27及改進(jìn)版CHARMM36c：專門且常用的膜力場(chǎng)。 Glycam06：支持了少數(shù)磷脂分子，非主流。 GAFF：GAFF力場(chǎng)沒有膜的參數(shù)，直接用在膜模擬效果不好。 Lipid11(2012)：Skjevik提出的膜力場(chǎng)，作為amber系列力場(chǎng)的擴(kuò)展，參數(shù)來自GAFF，幾種頭部（PC,PE,PS,PH,P2,PGR,PGS,PI）和幾種尾部可以自由搭配（模塊化）組成磷脂，還支持膽固醇，完全兼容amber力場(chǎng)，leap已支持。非主流。Dickson(2012)的GAFFlipid力場(chǎng)只是一個(gè)階段性的膜力場(chǎng)，將會(huì)被融合進(jìn)Lipid11。 Berger(1997)：聯(lián)合原子膜力場(chǎng)。成鍵參數(shù)基于GROMOS87，LJ參數(shù)基于OPLS-UA，適合搭配Gromos87，很常用也很好，幾乎是唯一致命的問題在于不直接兼容Gromos96，若搭配OPLSAA需要很留神。雖然也有一些人結(jié)合Gromos96來模擬膜蛋白，但終究比較古怪，需謹(jǐn)慎。原文只給出了DPPC的參數(shù)，后來又有人基于此弄了其它磷脂的。Berger本身沒直接提供參數(shù)和拓?fù)湮募�，Peter Tieleman基于Berger的參數(shù)制作了DPC、POPC、DPPC、DMPC、DLPC、DOPC、PLPC、POPE的itp文件，都需要lipid.itp中的參數(shù)，可以在這里下載：http://wcm.ucalgary.ca/tieleman/downloads G43A1-S3 (2006)：Chiu弄的兼容Gromos43A1的膜力場(chǎng)。支持PC/PE/sphingomyelin和cholesterol。此力場(chǎng)的POPC不建議使用。 *Kukol(2009)：完全兼容Gromos96 G53A6的膜力場(chǎng)，烷烴鏈?zhǔn)锹?lián)合原子，結(jié)果很好，和Berger相仿佛，彌補(bǔ)了它不支持Gromos96的遺憾。拓?fù)湮募䦶脑牡难a(bǔ)充材料里得到。包含DPPC、DMPC、POPG、POPC、DMPC的參數(shù)。此力場(chǎng)的POPC不建議使用。 *DAVID POGER(2010)：完全兼容gromos96 G53A6的膜力場(chǎng)。JCC的文章中只提出了DPPC的參數(shù)，JCTC的文章中還提出了DLPC、DMPC、DOPC、POPC的參數(shù)。網(wǎng)址和gmx的拓?fù)湮募?a href="http://www.gaoyang168.com/bbs/url.php?s=aHR0cDovL2NvbXBiaW8uY2hlbWlzdHJ5LnVxLmVkdS5hdS9%2BZGF2aWQvcmVzZWFyY2gvbGlwaWRzLmh0bQ%3D%3D&_s=eb147b921a17c284#opennewwindow" target="_blank" rel="nofollow">http://compbio.chemistry.uq.edu.au/~david/research/lipids.htm Stockholm lipids (Slipids) (2012)：Jambeck弄的全原子膜力場(chǎng)。兼容amber。支持DPPC、DLPC、DMPC、POPC、DOPC、SOPC、POPE、DOPE、sphingomylin、PG和PS頭部集團(tuán)、膽固醇。gromacs的拓?fù)湮募皖A(yù)平衡的結(jié)構(gòu)從這里下：http://people.su.se/~jjm/Stockholm_Lipids/Downloads.html MARTINI：粗�；�。網(wǎng)址和gmx的拓?fù)湮募?a href="http://www.gaoyang168.com/bbs/url.php?s=aHR0cDovL21kLmNoZW0ucnVnLm5sL2NnbWFydGluaS9pbmRleC5waHAvZG93bmxvYWRz&_s=8f93b05f33a7dee8#opennewwindow" target="_blank" rel="nofollow">http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads ==== |
4樓2015-01-22 23:58:03
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5樓2015-01-23 00:00:45
anyachan
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非常感謝，我用的是Berger搭配gromos53a6,參考的是網(wǎng)上的這個(gè)教程：http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html 一直在糾結(jié)用那個(gè)力場(chǎng)哪個(gè)軟件的。還打算繼續(xù)用這個(gè)，應(yīng)該可以吧，雖然上邊說比較古怪。。。 |
6樓2015-01-23 09:30:51
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