 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1631 | 回復(fù): 3 | |||
zhuimeng08銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
|
[交流]
用gromacs跑膜動(dòng)力學(xué) 已有1人參與
|
|
有人用g_membed命令進(jìn)行蛋白的鑲嵌嗎？也就是用g_membed命令把蛋白鑲嵌入膜中！有幾個(gè)問(wèn)題與大家討論一下！ 首先說(shuō)一下我遇到的問(wèn)題： 系統(tǒng)一直報(bào)水分子的坐標(biāo)不能識(shí)別，導(dǎo)致體系崩潰，產(chǎn)生許多step.pdb文件！ 猜測(cè)原因： 膜尚不平衡； 蛋白有問(wèn)題； 我的蛋白是一個(gè)二聚體，所以體系比較大，加上膜與水原子總原子數(shù)超過(guò)70萬(wàn)。 而且我的蛋白鏈有缺失，我對(duì)其進(jìn)行了修補(bǔ)，不知是不是這個(gè)原因，導(dǎo)致體系一直崩潰！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
085600材料與化工調(diào)劑 324分
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
344求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
266求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
化學(xué)工程321分求調(diào)劑
已經(jīng)有18人回復(fù)
-
314求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
08工科 320總分 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085601專(zhuān)碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
化工學(xué)碩306求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- gromacs 用GPU版本 跑動(dòng)力學(xué)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 跑完Gromacs的動(dòng)力學(xué)模擬之后的軌跡文件.trr里面沒(méi)有內(nèi)容，為什么？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 大家用gromacs做膜蛋白有直接從網(wǎng)上下的沒(méi)？做什么處理了嗎？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- Gromacs動(dòng)力學(xué)運(yùn)行出錯(cuò)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- gromacs跑動(dòng)力學(xué)時(shí)，水分子的影響
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 有沒(méi)有人用Amber做過(guò)膜蛋白動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【共享】推薦一篇關(guān)于膜蛋白動(dòng)力學(xué)的綜述
已經(jīng)有7人回復(fù)
zhuimeng08
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1381.8
- 散金: 153
- 紅花: 2
- 帖子: 435
- 在線: 276小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1254053
- 注冊(cè): 2011-04-03
- 專(zhuān)業(yè): 藥物化學(xué)
|
出現(xiàn)的錯(cuò)誤： step 46: Water molecule starting at atom 166936 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates step 48: Water molecule starting at atom 166936 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates 一直就是這個(gè)問(wèn)題！這是哪里出錯(cuò)了！ |
2樓2014-06-17 22:28:23
qianxiong
銅蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 1882.2
- 紅花: 3
- 帖子: 75
- 在線: 110.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1641543
- 注冊(cè): 2012-02-25
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
3樓2014-06-17 23:06:15
zhuimeng08
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1381.8
- 散金: 153
- 紅花: 2
- 帖子: 435
- 在線: 276小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1254053
- 注冊(cè): 2011-04-03
- 專(zhuān)業(yè): 藥物化學(xué)
謝謝，我試試！我一直以為是體系沒(méi)有平衡呢！不加水是不行的，有蛋白裸露在真空中，g_membed 運(yùn)行不下去！ 4樓2014-06-18 11:20:29
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 zhuimeng08 的主題更新
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +7 | rare12345 2026-03-18 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 331求調(diào)劑（0703有機(jī)化學(xué) +7 | ZY-05 2026-03-13 | 8/400 |
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +3 | 妮妮ninicgb 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專(zhuān)家開(kāi)始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +6 | 為學(xué)666 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 285化工學(xué)碩求調(diào)劑（081700） +9 | 柴郡貓_ 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢(mèng)微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 22408總分284求調(diào)劑 +3 | InAspic 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 現(xiàn)在如何回避去年的某一個(gè)專(zhuān)家，不知道名字 +3 | zk200107 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 招收0805（材料）調(diào)劑 +3 | 18595523086 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] ［0860］321分求調(diào)劑，ab區(qū)皆可 +4 | 寶貴熱 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 18880831720 2026-03-11 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料專(zhuān)碩350 求調(diào)劑 +4 | 王金科 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +5 | 超級(jí)伊昂大王 2026-03-12 | 5/250 |
|