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zhuimeng08銀蟲 (正式寫手)
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[交流]
用gromacs跑膜動(dòng)力學(xué) 已有1人參與
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有人用g_membed命令進(jìn)行蛋白的鑲嵌嗎？也就是用g_membed命令把蛋白鑲嵌入膜中！有幾個(gè)問題與大家討論一下！ 首先說一下我遇到的問題： 系統(tǒng)一直報(bào)水分子的坐標(biāo)不能識(shí)別，導(dǎo)致體系崩潰，產(chǎn)生許多step.pdb文件！ 猜測(cè)原因： 膜尚不平衡； 蛋白有問題； 我的蛋白是一個(gè)二聚體，所以體系比較大，加上膜與水原子總原子數(shù)超過70萬。 而且我的蛋白鏈有缺失，我對(duì)其進(jìn)行了修補(bǔ)，不知是不是這個(gè)原因，導(dǎo)致體系一直崩潰！ |
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zhuimeng08
銀蟲 (正式寫手)
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出現(xiàn)的錯(cuò)誤： step 46: Water molecule starting at atom 166936 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates step 48: Water molecule starting at atom 166936 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates 一直就是這個(gè)問題！這是哪里出錯(cuò)了！ |
2樓2014-06-17 22:28:23
qianxiong
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3樓2014-06-17 23:06:15
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謝謝，我試試！我一直以為是體系沒有平衡呢！不加水是不行的，有蛋白裸露在真空中，g_membed 運(yùn)行不下去！ 4樓2014-06-18 11:20:29
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