 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1640 | 回復(fù): 3 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
zhuimeng08銀蟲(chóng) (正式寫手)
|
[交流]
用gromacs跑膜動(dòng)力學(xué) 已有1人參與
|
||
|
有人用g_membed命令進(jìn)行蛋白的鑲嵌嗎？也就是用g_membed命令把蛋白鑲嵌入膜中！有幾個(gè)問(wèn)題與大家討論一下！ 首先說(shuō)一下我遇到的問(wèn)題： 系統(tǒng)一直報(bào)水分子的坐標(biāo)不能識(shí)別，導(dǎo)致體系崩潰，產(chǎn)生許多step.pdb文件！ 猜測(cè)原因： 膜尚不平衡； 蛋白有問(wèn)題； 我的蛋白是一個(gè)二聚體，所以體系比較大，加上膜與水原子總原子數(shù)超過(guò)70萬(wàn)。 而且我的蛋白鏈有缺失，我對(duì)其進(jìn)行了修補(bǔ)，不知是不是這個(gè)原因，導(dǎo)致體系一直崩潰！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
299求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料與化工專碩調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
086500 325 求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料080500調(diào)劑求收留
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
環(huán)境工程調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
工科材料085601 279求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
287求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計(jì)算機(jī)技術(shù)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- gromacs 用GPU版本 跑動(dòng)力學(xué)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 跑完Gromacs的動(dòng)力學(xué)模擬之后的軌跡文件.trr里面沒(méi)有內(nèi)容，為什么？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 大家用gromacs做膜蛋白有直接從網(wǎng)上下的沒(méi)？做什么處理了嗎？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- Gromacs動(dòng)力學(xué)運(yùn)行出錯(cuò)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- gromacs跑動(dòng)力學(xué)時(shí)，水分子的影響
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 有沒(méi)有人用Amber做過(guò)膜蛋白動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【共享】推薦一篇關(guān)于膜蛋白動(dòng)力學(xué)的綜述
已經(jīng)有7人回復(fù)
zhuimeng08
銀蟲(chóng) (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1381.8
- 散金: 153
- 紅花: 2
- 帖子: 435
- 在線: 276小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1254053
- 注冊(cè): 2011-04-03
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
謝謝，我試試！我一直以為是體系沒(méi)有平衡呢！不加水是不行的，有蛋白裸露在真空中，g_membed 運(yùn)行不下去！ 
4樓2014-06-18 11:20:29
zhuimeng08
銀蟲(chóng) (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1381.8
- 散金: 153
- 紅花: 2
- 帖子: 435
- 在線: 276小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1254053
- 注冊(cè): 2011-04-03
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
|
出現(xiàn)的錯(cuò)誤： step 46: Water molecule starting at atom 166936 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates step 48: Water molecule starting at atom 166936 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates 一直就是這個(gè)問(wèn)題！這是哪里出錯(cuò)了！ |
2樓2014-06-17 22:28:23
qianxiong
銅蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 1882.2
- 紅花: 3
- 帖子: 75
- 在線: 110.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1641543
- 注冊(cè): 2012-02-25
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
3樓2014-06-17 23:06:15
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 086500 325 求調(diào)劑 +3 | 領(lǐng)帶小熊 2026-03-19 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +9 | 梁梁校校 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
[考研] 能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名 +5 | 脫穎而出 2026-03-16 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +6 | 想上學(xué)吖吖 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +6 | z1z2z3879 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[論文投稿]
申請(qǐng)回稿延期一個(gè)月，編輯同意了。但系統(tǒng)上的時(shí)間沒(méi)變，給編輯又寫郵件了，沒(méi)回復(fù)
 10+3
|
wangf9518 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +9 | 冷笙123 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +15 | 于海海海海 2026-03-19 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 294求調(diào)劑材料與化工專碩 +14 | 陌の森林 2026-03-18 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 324分 +10 | llllkkkhh 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)求調(diào)劑 +3 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +4 | 冬十三 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +3 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +10 | z1z2z3879 2026-03-16 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +8 | 陌宸希 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +3 | 志存高遠(yuǎn)意在機(jī)?/a> 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國(guó)獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專利一項(xiàng)省級(jí)立項(xiàng) +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑 +3 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求老師收留調(diào)劑 +4 | jiang姜66 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +4 | 這么名字咋樣 2026-03-14 | 6/300 |
|