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zhangmao511鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Gromacs里文獻(xiàn)上提到的一個(gè)問(wèn)題，謝謝��！ 已有1人參與
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想請(qǐng)教一下，下面這段話摘自一篇文獻(xiàn)的method，想問(wèn)一下最后一句話是指靜電相互作用cutoff 是10A，Lennard-Jones interactions cutoff 是12A嗎？？？Lennard-Jones是指的什么呢？在Gromacs手冊(cè)上也經(jīng)�？吹絃ennard-Jones，文獻(xiàn)上也經(jīng)常提及，但是不大理解指的是什么作用力��？？謝謝。。 The MD simulations were conducted with NAMD (28) and performed with periodic boundary conditions at a constant pressure (1 atm) and temperature (300K) using Langevin dynamics with Nosé-Hoover Langevin piston pressure control. The long-range electrostatic interactions were calculated using the particle mesh Ewald algorithm. Both the electrostatic and the Lennard-Jones interactions had a twin-range cutoff of 10-12 A. |
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bluewhale
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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2樓2015-01-23 08:33:09
zhangmao511
鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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有這么基礎(chǔ)嗎？？好吧，不好意思，剛接觸分子模擬這塊，還沒(méi)買(mǎi)書(shū)。百度出來(lái)的是定義和一堆公式。 因?yàn)橛行┪墨I(xiàn)會(huì)說(shuō) electrostatic and the van der Waals interactions………………。有些文獻(xiàn)會(huì)說(shuō)electrostatic and the Lennard-Jones interactions………………。而在GROMACS的配置文件上找不到Lennard-Jones這個(gè)指標(biāo)對(duì)應(yīng)的參數(shù)。。 |
3樓2015-01-23 10:24:42
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