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銅蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] 體系中大量水分子怎么設(shè)置水分子模型

最近才開(kāi)始接觸分子模擬，看到很多文獻(xiàn)中提到水分子使用SPC/E或者TIP3P勢(shì)能模型固定，但具體應(yīng)該怎么做呢？？
在論壇里看了好幾天了，也嘗試了一下這些方法：
1. 直接用modify-constrains-fix distance 和 fix angel
2. 參考 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6795427 這篇帖子里提到的用rattle來(lái)固定單一水分子，然后使用amorphous cell建立水盒子
但無(wú)論使用方法1還是方法2固定后，在結(jié)構(gòu)優(yōu)化或者動(dòng)力學(xué)模擬后鍵長(zhǎng)鍵角還是會(huì)發(fā)生變化
1.使用指定水模型來(lái)固定模擬體系中的水分子具體應(yīng)該怎么做呢
2.rattle 命令應(yīng)該怎么使用，只能像方法2中的那樣操作嗎？
希望各位前輩能夠不吝賜教，拜謝

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1樓 2015-01-22 16:56:17

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