版塊導航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進行實名認證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進行手機號驗證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

返回列表

xwu10

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 599.6
散金: 228
帖子: 239
在線: 273小時
蟲號: 1366976
注冊: 2011-08-12
專業(yè): 金屬材料表面科學與工程

[求助] SIESTA 計算石墨烯，模型增大體系不收斂已有1人參與

各位好

我在用SIESTA進行石墨烯的簡單計算時，遇到了一個問題。我用MS進行石墨烯體系的建模，當石墨烯體系較小時（小于30個原子），SIESTA計算可以很好地收斂；然而當我增大石墨烯體系時（其他參數(shù)不變），去發(fā)現(xiàn)體系始終無法收斂，這個時候不管我修改何種參數(shù)，體系都無法收斂。我想問的是，SIESTA針對大體系計算難道就會出現(xiàn)收斂性問題嗎？這是軟件本身的bug還是什么其他原因？各位是否有可靠建議？（我試過修改MixingWeight和NumberPulay參數(shù)，以及Kgrid，結(jié)果依舊不能收斂）

兩種體系的fdf文件如下，也供初學者學習參考
#graphene-small supercell
SystemName       graphene
SystemLabel       graphene

NumberOfAtoms       30
NumberOfSpecies       1

%block ChemicalSpeciesLabel
  1 6  C
%endblock ChemicalSpeciesLabel

%block PAO.Basis                # Define Basis set
C          2                   # Species label, number of l-shells
n=2 0 1                      # n, l, Nzeta
4.088
1.000
n=2 1 1                      # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
4.870
1.000
%endblock PAO.Basis

XC.functional GGA

LatticeConstant    1.0 Ang
%block LatticeVectors
20.00000000       0.0000000000       0.0000000000
0.000000000       15.0000000000       0.0000000000
0.000000000       0.0000000000    20.0000000000
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
1.7 2.13 1.23 1
1.7 2.841 0 1
1.7 4.261 0 1
1.7 4.971 1.23 1
1.7 6.391 1.23 1
1.7 7.101 0 1
1.7 8.522 0 1
1.7 9.232 1.23 1
1.7 10.652 1.23 1
1.7 11.362 0 1
1.7 2.13 3.69 1
1.7 2.841 2.46 1
1.7 4.261 2.46 1
1.7 4.971 3.69 1
1.7 6.391 3.69 1
1.7 7.101 2.46 1
1.7 8.522 2.46 1
1.7 9.232 3.69 1
1.7 10.652 3.69 1
1.7 11.362 2.46 1
1.7 2.13 6.15 1
1.7 2.841 4.92 1
1.7 4.261 4.92 1
1.7 4.971 6.15 1
1.7 6.391 6.15 1
1.7 7.101 4.92 1
1.7 8.522 4.92 1
1.7 9.232 6.15 1
1.7 10.652 6.15 1
1.7 11.362 4.92 1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block kgrid_Monkhorst_Pack
1 0 0  0.0
0 10 0  0.0
0 0  10  0.5
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack

MeshCutoff       500.0 Ry

MaxSCFIterations    1000
DM.MixingWeight    0.05
DM.NumberPulay    10
DM.Tolerance       0.0001

WriteCoorXmol .true.

BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors

%block BandLines
1 0.0 0.0 0.0 \Gamma
100 0.0 0.0 0.5 X
%endblock BandLines

SolutionMethod    diagon
TS.WriteHS  .true.

#graphene-large supercell
SystemName       graphene
SystemLabel       graphene

NumberOfAtoms       50
NumberOfSpecies       1

%block ChemicalSpeciesLabel
  1 6  C
%endblock ChemicalSpeciesLabel

%block PAO.Basis                # Define Basis set
C          2                   # Species label, number of l-shells
n=2 0 1                      # n, l, Nzeta
4.088
1.000
n=2 1 1                      # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
4.870
1.000
%endblock PAO.Basis

XC.functional GGA
XC.authors PBE

LatticeConstant    1.0 Ang
%block LatticeVectors
20.00000000       0.0000000000       0.0000000000
0.000000000       15.0000000000       0.0000000000
0.000000000       0.0000000000    20
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
1.7 2.13 1.23 1
1.7 2.841 0 1
1.7 4.261 0 1
1.7 4.971 1.23 1
1.7 6.391 1.23 1
1.7 7.101 0 1
1.7 8.522 0 1
1.7 9.232 1.23 1
1.7 10.652 1.23 1
1.7 11.362 0 1
1.7 2.13 3.69 1
1.7 2.841 2.46 1
1.7 4.261 2.46 1
1.7 4.971 3.69 1
1.7 6.391 3.69 1
1.7 7.101 2.46 1
1.7 8.522 2.46 1
1.7 9.232 3.69 1
1.7 10.652 3.69 1
1.7 11.362 2.46 1
1.7 2.13 6.15 1
1.7 2.841 4.92 1
1.7 4.261 4.92 1
1.7 4.971 6.15 1
1.7 6.391 6.15 1
1.7 7.101 4.92 1
1.7 8.522 4.92 1
1.7 9.232 6.15 1
1.7 10.652 6.15 1
1.7 11.362 4.92 1
1.7 2.13 8.61 1
1.7 2.841 7.38 1
1.7 4.261 7.38 1
1.7 4.971 8.61 1
1.7 6.391 8.61 1
1.7 7.101 7.38 1
1.7 8.522 7.38 1
1.7 9.232 8.61 1
1.7 10.652 8.61 1
1.7 11.362 7.38 1
1.7 2.13 11.07 1
1.7 2.841 9.84 1
1.7 4.261 9.84 1
1.7 4.971 11.07 1
1.7 6.391 11.07 1
1.7 7.101 9.84 1
1.7 8.522 9.84 1
1.7 9.232 11.07 1
1.7 10.652 11.07 1
1.7 11.362 9.84 1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block kgrid_Monkhorst_Pack
1 0 0  0.0
0 10 0  0.0
0 0  10  0.5
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack

MeshCutoff       500.0 Ry

MaxSCFIterations    1000
DM.MixingWeight    0.1
DM.NumberPulay    10
DM.Tolerance       0.0001

WriteCoorXmol .true.

BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors

%block BandLines
1 0.0 0.0 0.0 \Gamma
100 0.0 0.0 0.5 X
%endblock BandLines

SolutionMethod    diagon
TS.WriteHS  .true.

回復此樓

» 猜你喜歡

085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復
生物學調(diào)劑招人！��！已經(jīng)有4人回復
0817 化學工程 299分求調(diào)劑有科研經(jīng)歷有二區(qū)文章已經(jīng)有17人回復
一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑已經(jīng)有5人回復
0856調(diào)劑，是學校就去已經(jīng)有7人回復
申博26年已經(jīng)有3人回復
一志愿吉林大學材料學碩321求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復
0703化學調(diào)劑，六級已過，有科研經(jīng)歷已經(jīng)有12人回復
294求調(diào)劑材料與化工專碩已經(jīng)有13人回復
288求調(diào)劑已經(jīng)有14人回復

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

靜態(tài)計算，加U計算不收斂！當U>=7時，就不收斂了，當U小于7時很快收斂！已經(jīng)有8人回復
計算機程序設(shè)計藝術(shù)（第三版）1~3卷已經(jīng)有46人回復
石墨烯轉(zhuǎn)移膜層不連續(xù) 已經(jīng)有6人回復
請教如何加快siesta的收斂速度已經(jīng)有9人回復
雙層石墨烯的間距多大啊優(yōu)化后謝謝已經(jīng)有7人回復
X-crysden安裝各種問題已經(jīng)有6人回復
VASP NEB 不收斂問題已經(jīng)有25人回復
VASP 計算石墨烯與石墨烯帶的區(qū)別已經(jīng)有11人回復
Siesta從官網(wǎng)下載贗勢計算出錯已經(jīng)有7人回復
VASP計算表面吸附但是能量總是不收斂/。。。已經(jīng)有9人回復
求助高斯計算過程中一直不收斂 scf(maxcyc=500,xqc) 已經(jīng)有9人回復
算例第一個時間步就不收斂？已經(jīng)有14人回復
用Dmol3結(jié)構(gòu)優(yōu)化時不收斂已經(jīng)有5人回復
被積函數(shù)很快收斂到0，為什么積分不收斂。已經(jīng)有3人回復
siesta結(jié)構(gòu)優(yōu)化收斂標準已經(jīng)有5人回復
結(jié)構(gòu)優(yōu)化 siesta 和 vasp 已經(jīng)有7人回復
siesta-3.1 計算石墨烯條帶不收斂，不知是不是我的輸入有問題。已經(jīng)有24人回復
SIESTA計算能級不準怎么解決已經(jīng)有10人回復
求助關(guān)于用vasp計算二維石墨烯納米帶所得到的能帶結(jié)果與報道對不上已經(jīng)有7人回復
vasp計算石墨烯能帶時，dirac點是打開的，帶隙不為零，與靜態(tài)的DOSCAR也對不上已經(jīng)有10人回復
【求助】請問用siesta算輸運怎么建模啊我是搞石墨烯已經(jīng)有7人回復
【求助】siesta中transiesta模塊的收斂標準是啥~~ 已經(jīng)有20人回復
【求助】siesta中transiesta模塊的收斂問題已經(jīng)有13人回復
【求助】siesta中關(guān)于幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化的問題【完結(jié)】已經(jīng)有17人回復

1樓 2015-01-24 18:36:04

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xwu10

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 599.6
散金: 228
帖子: 239
在線: 273小時
蟲號: 1366976
注冊: 2011-08-12
專業(yè): 金屬材料表面科學與工程

問題解決了，竟然是編譯器的問題，換了個編譯器重新編譯了下就解決了。小模型還能收斂，這個軟件真神奇

贊一下

回復此樓

2樓2015-01-26 14:55:53

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

銳利的碎片

木蟲 (正式寫手)

star watcher

1ST強帖: 1
應(yīng)助: 136 (高中生)
金幣: 3637.1
散金: 252
紅花: 22
帖子: 988
在線: 1224.9小時
蟲號: 961933
注冊: 2010-03-05
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
ljw4010: 金幣+2, 謝謝交流！ 2015-01-30 21:47:09

引用回帖:

2樓: Originally posted by xwu10 at 2015-01-26 14:55:53
問題解決了，竟然是編譯器的問題，換了個編譯器重新編譯了下就解決了。小模型還能收斂，這個軟件真神奇

其實siesta基本就是個廢物，還不如openmx。

贊一下

回復此樓

3樓2015-01-26 21:09:01

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

1ST強帖: 23
應(yīng)助: 71 (初中生)
貴賓: 0.031
金幣: 1973.1
散金: 9059
紅花: 79
帖子: 2681
在線: 2128.8小時
蟲號: 529624
注冊: 2008-03-20
性別: GG
專業(yè): 原子和分子物理

內(nèi)容已刪除

回復此樓

弘德明志博學篤行

4樓2015-01-26 21:42:12

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

1ST強帖: 23
應(yīng)助: 71 (初中生)
貴賓: 0.031
金幣: 1973.1
散金: 9059
紅花: 79
帖子: 2681
在線: 2128.8小時
蟲號: 529624
注冊: 2008-03-20
性別: GG
專業(yè): 原子和分子物理

有一個siesta板塊，在第一性原理里面。建議直接把帖子轉(zhuǎn)到那兒去。雖然沒有遇到你樣的問題，但是我想你的這個帖子對別人還是很有參考價值的。只要編譯有問題，再好的代碼也沒辦法。所以盡量不要用-O3選項編譯SIESTA.不知道你用的什么優(yōu)化選項。我一直用的-O2，我之前用-O3編譯都編譯不過去，又一次編譯過去了，雖然有的體系計算速度提升好幾倍，但是很多體系，壓根就不給算。

贊一下(2人)

回復此樓

弘德明志博學篤行

5樓2015-01-26 21:45:10

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

guohuazhong

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

1ST強帖: 1
應(yīng)助: 52 (初中生)
貴賓: 0.032
金幣: 35131.5
散金: 5
紅花: 19
沙發(fā): 1
帖子: 3924
在線: 885.6小時
蟲號: 550098
注冊: 2008-04-22
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

引用回帖:

樓主用的什么編譯器解決siesta不收斂的問題了啊，能否分享一下，我用ifort 11.1編譯算石墨烯也不收斂。

贊一下

回復此樓

6樓2015-01-27 20:44:34

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xwu10

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 599.6
散金: 228
帖子: 239
在線: 273小時
蟲號: 1366976
注冊: 2011-08-12
專業(yè): 金屬材料表面科學與工程

引用回帖:

6樓: Originally posted by guohuazhong at 2015-01-27 20:44:34
樓主用的什么編譯器解決siesta不收斂的問題了啊，能否分享一下，我用ifort 11.1編譯算石墨烯也不收斂。...

The old one is gfortran. Ifrot is ok

贊一下

回復此樓

7樓2015-01-28 09:44:28

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

chengxiajie

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 43.5
散金: 10
帖子: 7
在線: 7.3小時
蟲號: 4127351
注冊: 2015-10-08

引用回帖:

我也遇到了不收斂的問題，請問你是怎么解決的？這個和編譯器有什么關(guān)系呢？新手小白謝謝啦

贊一下

回復此樓

8樓2016-05-12 22:58:07

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 xwu10 的主題更新

返回列表

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑 +4	墨墨漠 2026-03-18	4/200	2026-03-19 21:46 by wang_dand
[考研] 一志愿中國海洋大學，生物學，301分，求調(diào)劑 +5	1孫悟空 2026-03-17	5/250	2026-03-19 18:03 by zcl123
[考研] 一志愿天大材料與化工（085600）總分338 +5	蔡大美女 2026-03-13	5/250	2026-03-19 10:44 by 是小劉呀～
[教師之家] 焦慮 +9	水冰月月野兔 2026-03-13	13/650	2026-03-19 09:50 by otani
[考研] 304求調(diào)劑 +6	司空. 2026-03-18	6/300	2026-03-18 23:03 by 星空星月
[考研] 311求調(diào)劑 +4	冬十三 2026-03-18	4/200	2026-03-18 21:47 by 盡舜堯1
[考研] 354求調(diào)劑 +4	Tyoumou 2026-03-18	7/350	2026-03-18 21:45 by Tyoumou
[考研] 301求調(diào)劑 +9	yy要上岸呀 2026-03-17	9/450	2026-03-18 08:58 by 無際的草原
[考研] 268求調(diào)劑 +8	一定有學上- 2026-03-14	9/450	2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 考研化學學碩調(diào)劑，一志愿985 +4	張vvvv 2026-03-15	6/300	2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 308求調(diào)劑 +4	是Lupa啊 2026-03-16	4/200	2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 085601求調(diào)劑 +4	Du.11 2026-03-16	4/200	2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 278求調(diào)劑 +3	Yy7400 2026-03-13	3/150	2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 一志愿，福州大學材料專碩339分求調(diào)劑 +3	木子momo青爭 2026-03-15	3/150	2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] [導師推薦]西南科技大學國防/材料導師推薦 +3	尖角小荷 2026-03-16	6/300	2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 333求調(diào)劑 +3	文思客 2026-03-16	7/350	2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 326求調(diào)劑 +4	諾貝爾化學獎覬?/a> 2026-03-15	7/350	2026-03-16 17:11 by 諾貝爾化學獎覬?/a>
[考研] 304求調(diào)劑 +5	素年祭語 2026-03-15	5/250	2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 22408總分284求調(diào)劑 +3	InAspic 2026-03-13	3/150	2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 070305求調(diào)劑 +3	mlpqaz03 2026-03-14	4/200	2026-03-15 11:04 by peike

24小時熱門版塊排行榜

[求助] SIESTA 計算石墨烯，模型增大體系不收斂 已有1人參與

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

【答案】應(yīng)助回帖

[求助] SIESTA 計算石墨烯，模型增大體系不收斂已有1人參與