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xiaobogaga新蟲 (初入文壇)
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[求助]
linux服務(wù)前環(huán)境下用G09做opt和freq計算報錯，好像是內(nèi)存問題，求各位幫助。 已有1人參與
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我的輸出文件如下： Anisotropic Spin Dipole Couplings in Principal Axis System --------------------------------------------------------------------------------- Atom a.u. MegaHertz Gauss 10(-4) cm-1 Axes Baa -0.1162 -13.530 -4.828 -4.513 0.9408 0.3297 0.0792 1 Pt(195 Bbb 0.0187 2.178 0.777 0.727 -0.2412 0.4866 0.8397 Bcc 0.0975 11.352 4.051 3.787 -0.2383 0.8090 -0.5373 Baa -1.0037 72.628 25.915 24.226 0.3848 0.9199 -0.0756 2 O(17) Bbb -0.9604 69.496 24.798 23.181 0.8876 -0.3463 0.3039 Bcc 1.9641 -142.124 -50.713 -47.407 -0.2534 0.1840 0.9497 Baa -0.0592 -31.591 -11.273 -10.538 0.7034 -0.6873 0.1815 3 H(1) Bbb -0.0297 -15.839 -5.652 -5.283 -0.2922 -0.0468 0.9552 Bcc 0.0889 47.430 16.924 15.821 0.6480 0.7249 0.2337 Baa -1.7089 123.652 44.122 41.246 0.9631 0.2488 -0.1028 4 O(17) Bbb -1.5849 114.679 40.920 38.253 -0.2587 0.7501 -0.6087 Bcc 3.2937 -238.331 -85.042 -79.499 -0.0744 0.6128 0.7867 Baa -0.1233 -65.811 -23.483 -21.952 -0.5922 0.6066 -0.5304 5 H(1) Bbb -0.0430 -22.927 -8.181 -7.648 -0.0772 0.6125 0.7867 Bcc 0.1663 88.738 31.664 29.600 0.8021 0.5068 -0.3159 Baa -2.3168 167.644 59.820 55.920 -0.1674 0.5144 0.8410 6 O(17) Bbb 1.0871 -78.661 -28.068 -26.239 0.8981 0.4315 -0.0852 Bcc 1.2297 -88.983 -31.751 -29.681 -0.4067 0.7410 -0.5342 Baa -0.1157 -61.727 -22.026 -20.590 -0.5707 0.6461 -0.5069 7 H(1) Bbb 0.0237 12.662 4.518 4.223 -0.1446 0.5286 0.8365 Bcc 0.0920 49.065 17.508 16.366 0.8083 0.5507 -0.2082 Baa -1.2750 92.255 32.919 30.773 -0.4126 0.7451 -0.5240 8 O(17) Bbb -1.1334 82.010 29.263 27.356 0.9098 0.3094 -0.2766 Bcc 2.4083 -174.265 -62.182 -58.129 0.0440 0.5909 0.8056 Baa -0.0767 -40.909 -14.597 -13.646 0.7786 0.4805 -0.4036 9 H(1) Bbb -0.0410 -21.876 -7.806 -7.297 0.0477 0.5960 0.8016 Bcc 0.1177 62.784 22.403 20.943 -0.6257 0.6433 -0.4411 Baa -1.8009 -94.253 -33.632 -31.439 0.7899 0.6011 0.1211 10 Cl(35) Bbb -1.7999 -94.202 -33.614 -31.422 -0.5853 0.7980 -0.1437 Bcc 3.6008 188.455 67.245 62.862 -0.1830 0.0426 0.9822 Baa -0.0342 -18.268 -6.518 -6.094 0.8907 0.4379 0.1224 11 H(1) Bbb -0.0038 -2.011 -0.717 -0.671 -0.2164 0.1716 0.9611 Bcc 0.0380 20.279 7.236 6.764 -0.3998 0.8825 -0.2476 --------------------------------------------------------------------------------- Operation on file out of range. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)= -606 Len= 218 IPos= 0 Q= 47379105079312 dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 74 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 6505472 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 0 0 0 0 0 0 0 Base 792064 629248 72192 206336 507904 640000 265728 798208 End 794624 639488 76800 206848 550912 666624 317440 999936 End1 794624 639488 76800 206848 550912 666624 317440 999936 Wr Pntr 792576 629248 72192 206336 507904 640000 217600 798208 Rd Pntr 792576 629248 72192 206336 507904 640000 217600 798208 Length 2560 10240 4608 512 43008 26624 51712 201728 Number 0 0 0 0 501 502 503 508 Base 327168 559616 211456 1728000 43520 624640 180224 213504 End 375296 624640 212480 6505472 44520 628799 180346 213534 End1 375296 624640 212480 6505472 44544 629248 180736 214016 Wr Pntr 327168 559616 211456 1728000 43520 624640 180224 213504 Rd Pntr 327168 559616 211456 1728000 43520 628799 180224 213504 Length 48128 65024 1024 4777472 1000 4159 122 30 Number 511 512 514 515 516 518 520 521 Base 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- 每次計算都在這個位置自己停止計算，也不出錯
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- Gaussian新手計算HOMO-LUMO的數(shù)值跟文獻(xiàn)所給出數(shù)值不一樣
已經(jīng)有11人回復(fù)
- Gaussian TDDFT 激發(fā)態(tài) 頻率計算 輸入文件
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- 用oniom方法優(yōu)化六肽的二聚體，結(jié)果報錯 求指導(dǎo)
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- #p ccsd(t)/cc-pwCVQZ iop(5/13=1) opt freq 提示輸入文件有錯 用的是GS09
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4樓2015-02-05 09:34:37
xiaobogaga
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輸入文件： # m062x/genecp opt(cartesian) freq nosymm scf(vshift=200,maxcycle=2000,xqc) COUNTER=2 Pt(oh)4-clh 2 3 Pt -0.60023154 0.05946193 0.76054781,1 O -0.91879554 2.05343793 0.75884181,1 H -0.13567354 2.66134293 0.62937381,1 O -0.28166754 -1.93451407 0.75884081,1 H -1.06478954 -2.54241907 0.62937581,1 O -2.33271854 -0.28733707 1.13729681,1 H -2.93437354 0.44465393 1.41906881,1 O 1.13225546 0.40626093 1.13729781,1 H 1.73391046 -0.32573107 1.41906881,1 Cl -0.67112833 0.42167345 -1.51071185,2 H -0.71134421 0.61126185 -2.77585433,2 O H Cl aug-cc-pvdz **** Pt 0 S 7 1.00 37.3750000 0.0156980 23.3685000 -0.1285150 14.6164000 0.3299960 5.2209620 -0.8039770 1.3267320 0.9127650 0.6163210 0.4444260 0.1480680 0.0192250 S 7 1.00 37.3750000 -0.0041400 23.3685000 0.0396870 14.6164000 -0.1100630 5.2209620 0.3003960 1.3267320 -0.4809750 0.6163210 -0.2769970 0.1480680 0.6216130 S 7 1.00 37.3750000 0.0303040 23.3685000 -0.1595530 14.6164000 0.3222870 5.2209620 -0.7469090 1.3267320 1.9183060 0.6163210 -1.1164460 0.1480680 -1.3836520 S 1 1.00 0.0523910 1.0000000 S 1 1.00 0.0185000 1.0000000 P 6 1.00 9.9926800 0.1240460 6.3831700 -0.3446320 1.5696500 0.5711200 0.7427790 0.4873560 0.3180200 0.1119590 0.1141460 0.0019280 P 6 1.00 9.9926800 -0.0346870 6.3831700 0.0999320 1.5696500 -0.2018840 0.7427790 -0.1984590 0.3180200 0.1230340 0.1141460 0.5955770 P 6 1.00 9.9926800 -0.0771530 6.3831700 0.2234940 1.5696500 -0.5228040 0.7427790 -0.3298980 0.3180200 0.7297730 0.1141460 0.5372880 P 1 1.00 0.0398630 1.0000000 P 1 1.00 0.0139000 1.0000000 D 5 1.00 10.4126000 0.0150800 6.5226600 -0.0622950 1.6643000 0.3006490 0.7342080 0.4539610 0.2974070 0.3490010 D 5 1.00 10.4126000 -0.0198660 6.5226600 0.0796630 1.6643000 -0.4687940 0.7342080 -0.4051740 0.2974070 0.5192890 D 1 1.00 0.1075990 1.0000000 D 1 1.00 0.0389000 1.0000000 F 1 1.00 0.8018000 1.0000000 F 1 1.00 0.3357000 1.0000000 **** PT 0 PT-ECP 5 60 h-ul potential 1 2 1.00000000 0.00000000 s-ul potential 2 2 14.60450000 429.64608700 2 7.21828700 73.15688400 p-ul potential 4 2 11.57716200 88.02291700 2 10.88384300 175.99819600 2 6.42440300 13.68227400 2 5.22419800 27.41465100 d-ul potential 4 2 7.69961000 43.55785200 2 7.55080800 65.36910800 2 3.96116400 7.01859600 2 3.87277700 11.39173300 f-ul potential 2 2 3.37986900 10.71022000 2 3.32625500 14.27812500 g-ul potential 2 2 5.45202000 -11.65174900 2 5.41258500 -14.37552500 |
2樓2015-02-04 08:30:07
xiaobogaga
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3樓2015-02-05 08:31:14
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiaobogaga: 金幣+5, ★★★很有幫助, 你好，謝謝你的幫助，我把opt和freq分開做就可以了，先優(yōu)化構(gòu)型，然后在優(yōu)化好構(gòu)型的基礎(chǔ)上再進行頻率計算，還是謝謝你的幫助 2015-02-06 17:07:34
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiaobogaga: 金幣+5, ★★★很有幫助, 你好，謝謝你的幫助，我把opt和freq分開做就可以了，先優(yōu)化構(gòu)型，然后在優(yōu)化好構(gòu)型的基礎(chǔ)上再進行頻率計算，還是謝謝你的幫助 2015-02-06 17:07:34
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你的輸入文件貼全了嗎？最前面沒有指定用多大內(nèi)存？也沒有指定用幾個核算？ 默認(rèn)的內(nèi)存很小啊，只有32MB好像，肯定不夠用 在最前面加兩行， %nprocs=16 %mem=20GB 視計算機配置改一下數(shù)值即可 這個體系只有兩百多個基函數(shù)，計算量不大的 [ 發(fā)自手機版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
5樓2015-02-05 09:47:52
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