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沐心精靈木蟲 (正式寫手)
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[求助]
求助：Rocks 6.1集群搭建不能跨節(jié)點(diǎn)并行 已有2人參與
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有沒有大神知道用Rocks 6.1搭建集群時不能跨節(jié)點(diǎn)并行的原因啊？ 集群由4臺服務(wù)器組成，其中一個為前端節(jié)點(diǎn)，剩下的為計算節(jié)點(diǎn)。安裝按照Rocks 6.1手冊，并結(jié)合網(wǎng)上的一些教程，鏡像全部為Rocks官方的。安裝完前端節(jié)點(diǎn)和計算節(jié)點(diǎn)后，在、share/apps目錄下安裝了OpenMP（不用自帶的）和intel Fortran，并設(shè)置環(huán)境變量等，同步到計算節(jié)點(diǎn)，并source環(huán)境變量。 按照上面的安裝，CFD程序（自己的，包括CFL3D）可以編譯，由SGE可提交至計算節(jié)點(diǎn)正常并行計算。但是問題是，當(dāng)并行線程數(shù)超過某個計算節(jié)點(diǎn)的總線程數(shù)時，qstat給的結(jié)果是分配到兩臺節(jié)點(diǎn)上，但是到分配的節(jié)點(diǎn)top時發(fā)現(xiàn)，其實(shí)只在一個節(jié)點(diǎn)上并行而已。 例如，用64個線程運(yùn)行程序，用命令qsub -pe mpich 64 RUN_Script在前端節(jié)點(diǎn)提交，剛好分配到了兩臺計算節(jié)點(diǎn)（總線程數(shù)分別為24和40），如下所示： [user01@cluster src]$ qstat -f queuename qtype resv/used/tot. load_avg arch states --------------------------------------------------------------------------------- all.q@compute-0-15.local BIP 0/40/40 0.00 linux-x64 129 0.55500 RUN_Script user01 r 02/14/2014 09:28:38 40 --------------------------------------------------------------------------------- all.q@compute-0-4.local BIP 0/24/24 0.07 linux-x64 129 0.55500 RUN_Script user01 r 02/14/2014 09:28:38 24 但是ssh到compute-0-15和compute-0-4上top看時，只有一個節(jié)點(diǎn)上有程序運(yùn)行。我的任務(wù)腳本文件 RUN_Script內(nèi)容如下： #!/bin/bash # #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash # mpirun -machinefile $TMPDIR/machines -np $NSLOTS \ /home/user01/AxisJet/src/JET 集群內(nèi)的計算節(jié)點(diǎn)和前端節(jié)點(diǎn)可以無密碼ssh登錄。搞了幾天，實(shí)在是不知道問題何在��！求蟲友們指點(diǎn)啊，問題能解決，再追加賞幣��！ |
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