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broken1999木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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Gaussian 軟件的并行效率
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pbs文件里可以指定一個(gè)核數(shù)，例如 “#PBS -l nodes=1:ppn=8” gjf文件里也可以指定一個(gè)核數(shù)，例如 " %proc=8" 最近做了一組測(cè)試，具體任務(wù)為計(jì)算單點(diǎn)能 1. pbs=8, gjf=8，運(yùn)算時(shí)間29h 2. pbs=8, gjf=1，運(yùn)算時(shí)間21.5h 3. pbs=1, gjf=8，運(yùn)算時(shí)間26h 4. pbs=1, gjf=1，運(yùn)算時(shí)間36h 由此衍生出兩個(gè)問(wèn)題： 1.機(jī)器調(diào)用的核的數(shù)目是由pbs文件決定，還是由gjf文件決定？ 2.高斯的并行效率如何？ ------------------------------------------------------------------------------------- 補(bǔ)充說(shuō)明一下，我的測(cè)試調(diào)用的CPU都在一個(gè)節(jié)點(diǎn)內(nèi)，沒(méi)有跨節(jié)點(diǎn)并行 [ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ] |
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理論上來(lái)說(shuō)是PBS決定一共申請(qǐng)多少可用資源，gjf決定用多少。 高斯并不會(huì)知道pbs的設(shè)置。如果你用pbs申請(qǐng)了100個(gè)節(jié)點(diǎn)，只指定用一個(gè)，那剩下99個(gè)就閑著。 每個(gè)版本的PBS不同，不過(guò)大部分PBS系統(tǒng)都是正節(jié)點(diǎn)分配的，不管你申請(qǐng)多少資源，都是至少給你1個(gè)節(jié)點(diǎn)，除非管理員設(shè)置了非并行隊(duì)列。所以即使你設(shè)置ppn=1，很多版本的PBS仍然會(huì)給你一整個(gè)節(jié)點(diǎn)，如果一個(gè)節(jié)點(diǎn)是24個(gè)處理器就還是可以有24個(gè)進(jìn)程。 |
2樓2014-01-19 11:50:50
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5樓2014-01-20 08:48:01
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pbs=1的是沒(méi)有意義的。如1樓所說(shuō)。 通過(guò)pbs申請(qǐng)1個(gè)節(jié)點(diǎn)，但是運(yùn)行8個(gè)進(jìn)程也是可以的。 但是pbs=8的情況下，不明白為什么gjf=1與8 基本上沒(méi)有區(qū)別？ 不至于這么差吧。 1. 不知道是什么任務(wù)，計(jì)算的任務(wù)是否合理？ 2. 運(yùn)行時(shí)間是指文件output中的時(shí)間，還是說(shuō)實(shí)際計(jì)算的時(shí)間？ |
7樓2014-01-20 14:06:11
virtualzx
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這要取決于機(jī)器的結(jié)構(gòu)；高斯，完全沒(méi)有考慮內(nèi)存關(guān)聯(lián)性，所以比一般的并行程序都差很多。高斯的很多OpenMP并行甚至沒(méi)有first touch，所以多線程時(shí)沒(méi)法保證內(nèi)存定域，如果你的集群在節(jié)點(diǎn)間使用DSM共享內(nèi)存，建議你不要使用，除非手動(dòng)修改代碼，否則效果很不理想！ 即使單節(jié)點(diǎn)運(yùn)行，可能的話盡量將內(nèi)存限制在一個(gè)NUMA域上，否則高斯很笨，即使需要的內(nèi)存不多也會(huì)去用NUMA域以外的內(nèi)存。如果你每個(gè)節(jié)點(diǎn)有64G，4個(gè)numa域，那么可能的話盡量不要給高斯指派超過(guò)16G內(nèi)存，否則可能反而導(dǎo)致變慢。 |
8樓2014-01-20 16:20:32
qchem
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Gaussian用多少核由輸入文件設(shè)置，與pbs沒(méi)有關(guān)系，但兩者設(shè)置不一致會(huì)導(dǎo)致?lián)屬Y源或資源浪費(fèi) Gaussian并行效率相對(duì)低些，一般8核就差不多了，再高不值得 跨節(jié)點(diǎn)用linda效率也低，還要設(shè)一個(gè)文件否則用不起來(lái) 要想Gaussian快，關(guān)鍵是intel的cpu，就好安騰，效率高好多 還有內(nèi)存設(shè)置恰當(dāng)，不是越大越好 [ 發(fā)自小木蟲(chóng)客戶端 ] |
9樓2014-02-10 09:57:07
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