當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖

broken1999

專家顧問

應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
金幣: 2167.4
帖子: 560
在線: 281.9小時(shí)
蟲號(hào): 1128677

[交流] Gaussian 軟件的并行效率

pbs文件里可以指定一個(gè)核數(shù)，例如 “#PBS -l nodes=1:ppn=8”
gjf文件里也可以指定一個(gè)核數(shù)，例如 " %proc=8"

最近做了一組測(cè)試，具體任務(wù)為計(jì)算單點(diǎn)能
1. pbs=8, gjf=8，運(yùn)算時(shí)間29h
2. pbs=8, gjf=1，運(yùn)算時(shí)間21.5h
3. pbs=1, gjf=8，運(yùn)算時(shí)間26h
4. pbs=1, gjf=1，運(yùn)算時(shí)間36h

由此衍生出兩個(gè)問題：
1.機(jī)器調(diào)用的核的數(shù)目是由pbs文件決定，還是由gjf文件決定？
2.高斯的并行效率如何？

-------------------------------------------------------------------------------------

補(bǔ)充說明一下，我的測(cè)試調(diào)用的CPU都在一個(gè)節(jié)點(diǎn)內(nèi)，沒有跨節(jié)點(diǎn)并行

[ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ]

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

070300一志愿211，312分求調(diào)劑院校已經(jīng)有13人回復(fù)
26年儲(chǔ)能、電池方向博士申請(qǐng) 已經(jīng)有0人回復(fù)
物理化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)? 已經(jīng)有119人回復(fù)
070300化學(xué)求調(diào)劑已經(jīng)有13人回復(fù)
青島大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院2026年招收調(diào)劑碩士研究生已經(jīng)有0人回復(fù)
北方工業(yè)大學(xué)085808儲(chǔ)能技術(shù)-02方向（電池）接收調(diào)劑生已經(jīng)有0人回復(fù)
272求調(diào)劑，接受跨專業(yè)調(diào)劑！已經(jīng)有3人回復(fù)
有一區(qū)TOP論文，求調(diào)劑已經(jīng)有22人回復(fù)
大連工業(yè)大學(xué)杰青/長(zhǎng)江團(tuán)隊(duì)-生物質(zhì)材料-儲(chǔ)能電池方向招收2026級(jí)博士生已經(jīng)有13人回復(fù)
2026貴州大學(xué)博士招生已經(jīng)有0人回復(fù)
青島大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院2026年招收調(diào)劑碩士研究生已經(jīng)有0人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

gaussian中使用nprocshared 感覺有點(diǎn)兒怪！已經(jīng)有4人回復(fù)
請(qǐng)教并行計(jì)算linux的問題已經(jīng)有19人回復(fù)
求助：openmp 單節(jié)點(diǎn)多核并行效率問題已經(jīng)有4人回復(fù)
單機(jī)多核一個(gè)cpu的串行并行求助已經(jīng)有26人回復(fù)
筆記本運(yùn)行Gaussian,裝linux系統(tǒng)能加快計(jì)算速度么已經(jīng)有16人回復(fù)
關(guān)于Gaussian并行用的TCP-Linda軟件及論壇上的Gaussian版本的linda可用性討論已經(jīng)有4人回復(fù)
回答一些關(guān)于Multiwfn的疑問以及未來Multiwfn的發(fā)展打算已經(jīng)有37人回復(fù)
gaussian 03Revison-E01版在Window 下不能并行計(jì)算啊! 已經(jīng)有9人回復(fù)
【討論】Gaussian09的內(nèi)存控制很奇特？已經(jīng)有28人回復(fù)
【求助】turbomole并行的問題已經(jīng)有10人回復(fù)
【討論】gaussian算PBC的機(jī)子配置問題已經(jīng)有8人回復(fù)

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼

1樓 2014-01-19 10:59:02

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

lb1586551

專家顧問

應(yīng)助: 5 (幼兒園)
金幣: 2289.5
帖子: 216
在線: 33.8小時(shí)
蟲號(hào): 641019

★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+3 2014-01-20 19:43:34

顯然測(cè)試是有問題的，Gaussian做DFT的效率還算可以。但是跨節(jié)點(diǎn)需要Linda版本，國(guó)內(nèi)買Linda的人很少。據(jù)說使用Linda是可以用到一兩百核，效率還可以，但是計(jì)算頻率效率比較低。

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2014-01-19 23:49:57

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 9 個(gè)回答

virtualzx

版主

QC強(qiáng)帖: 2
應(yīng)助: 263 (大學(xué)生)
金幣: 7161.3
帖子: 1605
在線: 317.6小時(shí)
蟲號(hào): 2069080

★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+3 2014-01-20 19:43:25

理論上來說是PBS決定一共申請(qǐng)多少可用資源，gjf決定用多少。
高斯并不會(huì)知道pbs的設(shè)置。如果你用pbs申請(qǐng)了100個(gè)節(jié)點(diǎn)，只指定用一個(gè)，那剩下99個(gè)就閑著。
每個(gè)版本的PBS不同，不過大部分PBS系統(tǒng)都是正節(jié)點(diǎn)分配的，不管你申請(qǐng)多少資源，都是至少給你1個(gè)節(jié)點(diǎn)，除非管理員設(shè)置了非并行隊(duì)列。所以即使你設(shè)置ppn=1，很多版本的PBS仍然會(huì)給你一整個(gè)節(jié)點(diǎn)，如果一個(gè)節(jié)點(diǎn)是24個(gè)處理器就還是可以有24個(gè)進(jìn)程。

贊一下(3人)

回復(fù)此樓

2樓2014-01-19 11:50:50

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

yongleli

管理員

應(yīng)助: 93 (初中生)
金幣: 3769.1
帖子: 764
在線: 101.3小時(shí)
蟲號(hào): 303595

★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+2 2014-01-20 19:44:17

引用回帖:

3樓: Originally posted by lb1586551 at 2014-01-19 23:49:57
顯然測(cè)試是有問題的，Gaussian做DFT的效率還算可以。但是跨節(jié)點(diǎn)需要Linda版本，國(guó)內(nèi)買Linda的人很少。據(jù)說使用Linda是可以用到一兩百核，效率還可以，但是計(jì)算頻率效率比較低。

我們這里的系統(tǒng)管理員測(cè)試過，高斯的linda版節(jié)點(diǎn)間效率特別差。
其實(shí)這東西關(guān)鍵還是內(nèi)存吧。我目前都是弄幾個(gè)節(jié)點(diǎn)，把內(nèi)存搞大，但是只用一個(gè)節(jié)點(diǎn)內(nèi)的CPU。

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2014-01-20 05:10:58

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

abdoman

管理員

應(yīng)助: 56 (初中生)
金幣: 5369.5
帖子: 1321
在線: 451.5小時(shí)
蟲號(hào): 301521

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

4樓: Originally posted by yongleli at 2014-01-20 05:10:58
我們這里的系統(tǒng)管理員測(cè)試過，高斯的linda版節(jié)點(diǎn)間效率特別差。
其實(shí)這東西關(guān)鍵還是內(nèi)存吧。我目前都是弄幾個(gè)節(jié)點(diǎn)，把內(nèi)存搞大，但是只用一個(gè)節(jié)點(diǎn)內(nèi)的CPU。...

想問一下，你們節(jié)點(diǎn)間是千兆網(wǎng)線還是用IB連接的？

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2014-01-20 08:48:01

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 材料求調(diào)劑 +3	呢呢妮妮 2026-04-01	4/200	2026-04-01 19:36 by 考研上岸呀一定?/a>
[考研] 材料專碩調(diào)劑 +15	椰椰。 2026-03-29	15/750	2026-04-01 17:52 by JYD2011
[考研] 化學(xué)308分調(diào)劑 +13	你好明天你好 2026-03-30	14/700	2026-04-01 16:19 by yanflower7133
[考研] 一志愿廈門大學(xué)化學(xué)學(xué)碩307求調(diào)劑 +11	y7czhao 2026-03-26	11/550	2026-04-01 16:18 by oooqiao
[考研] 求調(diào)劑 +4	圖鑒212 2026-03-30	5/250	2026-04-01 15:32 by 圖鑒212
[考研] 一志愿中農(nóng)0710生物學(xué)，微生物方向總分338求調(diào)劑 +3	柒xxxx. 2026-03-26	3/150	2026-04-01 12:30 by 冰烏龍
[考研] 材料與化工調(diào)劑一志愿大連海事085600，349 +9	吃的不少 2026-03-30	9/450	2026-04-01 11:24 by wangjy2002
[考研] 085410人工智能初試316分求調(diào)劑 +3	殘星拂曙 2026-03-31	3/150	2026-04-01 11:09 by 小熊raider
[考研] 336材料求調(diào)劑 +10	陳瀅瑩 2026-03-26	12/600	2026-03-31 17:59 by jp9609
[考研] 南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑 +11	景隨風(fēng) 2026-03-29	16/800	2026-03-31 10:14 by herarysara
[考研] 370求調(diào)劑 +3	080700調(diào)劑 2026-03-30	3/150	2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 085701環(huán)境工程求調(diào)劑 +11	多久上課 2026-03-27	12/600	2026-03-30 21:21 by 研究僧導(dǎo)導(dǎo)
[考研] 求調(diào)劑 +10	家佳佳佳佳佳 2026-03-29	10/500	2026-03-30 18:34 by 544594351
[考研] 一志愿南開大學(xué)0710生物學(xué)359求調(diào)劑 +5	兔兔兔111223314 2026-03-29	7/350	2026-03-30 18:29 by 兔兔兔111223314
[考研] 317分一志愿南理工材料工程本科湖工大求調(diào)劑 +12	芋泥小鈴鐺 2026-03-28	12/600	2026-03-30 17:06 by wangjy2002
[考研] 求調(diào)劑，一志愿南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +6	@taotao 2026-03-26	7/350	2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 一志愿中南大學(xué)化學(xué)0703總分337求調(diào)劑 +6	niko- 2026-03-27	6/300	2026-03-30 10:25 by herarysara
[考研] 298求調(diào)劑 +4	種圣賜 2026-03-28	4/200	2026-03-29 08:42 by q1092522407
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3	崔wj 2026-03-26	3/150	2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 085602化學(xué)工程求調(diào)劑。 +4	平樂樂樂 2026-03-26	4/200	2026-03-26 17:57 by fmesaito