 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3341 | 回復(fù): 8 | |||
[交流]
Gaussian 軟件的并行效率
|
|
pbs文件里可以指定一個核數(shù)，例如 “#PBS -l nodes=1:ppn=8” gjf文件里也可以指定一個核數(shù)，例如 " %proc=8" 最近做了一組測試，具體任務(wù)為計算單點能 1. pbs=8, gjf=8，運算時間29h 2. pbs=8, gjf=1，運算時間21.5h 3. pbs=1, gjf=8，運算時間26h 4. pbs=1, gjf=1，運算時間36h 由此衍生出兩個問題： 1.機器調(diào)用的核的數(shù)目是由pbs文件決定，還是由gjf文件決定？ 2.高斯的并行效率如何？ ------------------------------------------------------------------------------------- 補充說明一下，我的測試調(diào)用的CPU都在一個節(jié)點內(nèi)，沒有跨節(jié)點并行 [ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ] |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
PbS量子點如何確定濃度
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
200年來人們一直無法破解的難題： 氣液臨界點狀態(tài)方程
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有58人回復(fù)
-
關(guān)于引力延遲下雙星系統(tǒng)角動量不守恒的疑惑---求高手解答！
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
大灣區(qū)大學(xué)劉天輝課題組招收2026級博士生（與中山大學(xué)物理學(xué)院聯(lián)合培養(yǎng)）
已經(jīng)有22人回復(fù)
-
PbS量子點紫外吸收
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
比利時魯汶大學(xué)與國家留學(xué)基金委共同資助博士研究生CSC-KU Leuven PhD Scholarship
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
七嗪類物質(zhì)合成求助
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
倫敦大學(xué)學(xué)院Benjamin Moss博士招收人工智能、原位光譜、催化相關(guān)26年博士生
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
中國科學(xué)院成都山地災(zāi)害與環(huán)境研究所2026年特別研究助理（博士后）招聘啟事
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- gaussian中使用nprocshared 感覺有點兒怪！
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 請教并行計算linux的問題
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 求助：openmp 單節(jié)點多核并行效率問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 單機多核一個cpu的串行并行求助
已經(jīng)有26人回復(fù)
- 筆記本運行Gaussian,裝linux系統(tǒng)能加快計算速度么
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 關(guān)于Gaussian并行用的TCP-Linda軟件及論壇上的Gaussian版本的linda可用性討論
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 回答一些關(guān)于Multiwfn的疑問以及未來Multiwfn的發(fā)展打算
已經(jīng)有37人回復(fù)
- gaussian 03Revison-E01版在Window 下不能并行計算啊!
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【討論】Gaussian09的內(nèi)存控制很奇特？
已經(jīng)有28人回復(fù)
- 【求助】turbomole并行的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【討論】gaussian算PBC的機子配置問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
青島高校2026招生碩士研究生
+5/770
-
持續(xù)創(chuàng)業(yè)者，A8離異男征婚，事業(yè)遇到瓶頸，尋找創(chuàng)業(yè)生活伴侶
+1/461
-
福建師范大學(xué)葉應(yīng)祥課題組招收2026級博士研究生
+2/152
-
祈福2026國基面上項目
+5/125
-
材料、化學(xué)類碩士研究生調(diào)劑機會，學(xué)碩專碩均可，有意請聯(lián)系，非誠勿擾！
+1/87
-
中山大學(xué)環(huán)境材料團隊招聘
+1/86
-
坐標(biāo)廣州，男征女，雙向奔赴
+1/66
-
飄在美國，有點想家
+1/51
-
天津城建大學(xué)招收物理、化學(xué)或者生物調(diào)劑生一名，前往天津大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)
+1/40
-
研究生 調(diào)劑 看過來- 機械、控制工程、力學(xué)類（流體力學(xué)、一般力學(xué)等） 211 雙一流
+1/28
-
巴黎西岱大學(xué)（Université Paris Cité）Fayna MAMMERI 導(dǎo)師尋找CSC公派博士生
+1/24
-
下周見一個合作者，應(yīng)該問些什么
+1/21
-
北京某研究院生物化學(xué)與分子生物學(xué)相關(guān)專業(yè)申請考核制博士招生（春季）
+1/11
-
新加坡國立大學(xué)藥學(xué)系化學(xué)生物學(xué)課題組招PhD
+1/11
-
深圳信息職業(yè)大學(xué)招聘聯(lián)合培養(yǎng)碩博研究生（急）
+1/7
-
河南大學(xué)龔和貴教授2026年博士研究生招生
+1/5
-
Top-88悉尼科技大學(xué)數(shù)據(jù)科學(xué)/AI 招收2027年入學(xué) 校獎 博士生1到2名(國際和本地學(xué)生）
+1/4
-
國家臍橙工程技術(shù)研究中心 招收農(nóng)林相關(guān)專業(yè) 復(fù)試調(diào)劑生
+1/4
-
武漢紡織大學(xué)紡織纖維及制品教育部重點實驗室招收博士研究生
+1/2
-
125603工業(yè)工程與管理調(diào)劑
+1/1
★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+3 2014-01-20 19:43:25
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+3 2014-01-20 19:43:25
|
理論上來說是PBS決定一共申請多少可用資源，gjf決定用多少。 高斯并不會知道pbs的設(shè)置。如果你用pbs申請了100個節(jié)點，只指定用一個，那剩下99個就閑著。 每個版本的PBS不同，不過大部分PBS系統(tǒng)都是正節(jié)點分配的，不管你申請多少資源，都是至少給你1個節(jié)點，除非管理員設(shè)置了非并行隊列。所以即使你設(shè)置ppn=1，很多版本的PBS仍然會給你一整個節(jié)點，如果一個節(jié)點是24個處理器就還是可以有24個進程。 |
2樓2014-01-19 11:50:50
3樓2014-01-19 23:49:57
4樓2014-01-20 05:10:58
5樓2014-01-20 08:48:01
6樓2014-01-20 09:00:23
7樓2014-01-20 14:06:11
★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+2 2014-02-11 01:55:22
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+2 2014-02-11 01:55:22
|
這要取決于機器的結(jié)構(gòu)；高斯，完全沒有考慮內(nèi)存關(guān)聯(lián)性，所以比一般的并行程序都差很多。高斯的很多OpenMP并行甚至沒有first touch，所以多線程時沒法保證內(nèi)存定域，如果你的集群在節(jié)點間使用DSM共享內(nèi)存，建議你不要使用，除非手動修改代碼，否則效果很不理想！ 即使單節(jié)點運行，可能的話盡量將內(nèi)存限制在一個NUMA域上，否則高斯很笨，即使需要的內(nèi)存不多也會去用NUMA域以外的內(nèi)存。如果你每個節(jié)點有64G，4個numa域，那么可能的話盡量不要給高斯指派超過16G內(nèi)存，否則可能反而導(dǎo)致變慢。 |
8樓2014-01-20 16:20:32
★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+2 2014-02-11 01:55:30
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+2 2014-02-11 01:55:30
|
Gaussian用多少核由輸入文件設(shè)置，與pbs沒有關(guān)系，但兩者設(shè)置不一致會導(dǎo)致?lián)屬Y源或資源浪費 Gaussian并行效率相對低些，一般8核就差不多了，再高不值得 跨節(jié)點用linda效率也低，還要設(shè)一個文件否則用不起來 要想Gaussian快，關(guān)鍵是intel的cpu，就好安騰，效率高好多 還有內(nèi)存設(shè)置恰當(dāng)，不是越大越好 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
9樓2014-02-10 09:57:07
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 broken1999 的主題更新
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料學(xué)碩301分求調(diào)劑 +6 | Liyouyumairs 2026-03-21 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +10 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 336求調(diào)劑 +5 | rmc8866 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +5 | shxchem 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
[考研] 【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠心求調(diào)劑 +10 | 吃吃吃才有意義 2026-03-19 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑 +3 | yzysaa 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601調(diào)劑 358分 +3 | zzzzggh 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | Mqqqqqq 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +6 | △小透明* 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑 +12 | 墨墨漠 2026-03-18 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +9 | 何潤采123 2026-03-18 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 一志愿中南化學(xué)（0703）總分337求調(diào)劑 +8 | niko- 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +3 | 困困困困坤坤 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +7 | 為學(xué)666 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項國獎兩個實用型專利一項省級立項 +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國防/材料導(dǎo)師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 070303 總分349求調(diào)劑 +3 | LJY9966 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 本科南京大學(xué)一志愿川大藥學(xué)327 +3 | 麥田耕者 2026-03-14 | 3/150 |
|