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broken1999

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[交流] Gaussian 軟件的并行效率

pbs文件里可以指定一個(gè)核數(shù)，例如 “#PBS -l nodes=1:ppn=8”
gjf文件里也可以指定一個(gè)核數(shù)，例如 " %proc=8"

最近做了一組測(cè)試，具體任務(wù)為計(jì)算單點(diǎn)能
1. pbs=8, gjf=8，運(yùn)算時(shí)間29h
2. pbs=8, gjf=1，運(yùn)算時(shí)間21.5h
3. pbs=1, gjf=8，運(yùn)算時(shí)間26h
4. pbs=1, gjf=1，運(yùn)算時(shí)間36h

由此衍生出兩個(gè)問(wèn)題：
1.機(jī)器調(diào)用的核的數(shù)目是由pbs文件決定，還是由gjf文件決定？
2.高斯的并行效率如何？

-------------------------------------------------------------------------------------

補(bǔ)充說(shuō)明一下，我的測(cè)試調(diào)用的CPU都在一個(gè)節(jié)點(diǎn)內(nèi)，沒有跨節(jié)點(diǎn)并行

[ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ]

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1樓 2014-01-19 10:59:02

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yongleli

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gmy1990: 金幣+2 2014-01-20 19:44:17

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3樓: Originally posted by lb1586551 at 2014-01-19 23:49:57
顯然測(cè)試是有問(wèn)題的，Gaussian做DFT的效率還算可以。但是跨節(jié)點(diǎn)需要Linda版本，國(guó)內(nèi)買Linda的人很少。據(jù)說(shuō)使用Linda是可以用到一兩百核，效率還可以，但是計(jì)算頻率效率比較低。

我們這里的系統(tǒng)管理員測(cè)試過(guò)，高斯的linda版節(jié)點(diǎn)間效率特別差。
其實(shí)這東西關(guān)鍵還是內(nèi)存吧。我目前都是弄幾個(gè)節(jié)點(diǎn)，把內(nèi)存搞大，但是只用一個(gè)節(jié)點(diǎn)內(nèi)的CPU。

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4樓2014-01-20 05:10:58

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理論上來(lái)說(shuō)是PBS決定一共申請(qǐng)多少可用資源，gjf決定用多少。
高斯并不會(huì)知道pbs的設(shè)置。如果你用pbs申請(qǐng)了100個(gè)節(jié)點(diǎn)，只指定用一個(gè)，那剩下99個(gè)就閑著。
每個(gè)版本的PBS不同，不過(guò)大部分PBS系統(tǒng)都是正節(jié)點(diǎn)分配的，不管你申請(qǐng)多少資源，都是至少給你1個(gè)節(jié)點(diǎn)，除非管理員設(shè)置了非并行隊(duì)列。所以即使你設(shè)置ppn=1，很多版本的PBS仍然會(huì)給你一整個(gè)節(jié)點(diǎn)，如果一個(gè)節(jié)點(diǎn)是24個(gè)處理器就還是可以有24個(gè)進(jìn)程。

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2樓2014-01-19 11:50:50

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gmy1990: 金幣+3 2014-01-20 19:43:34

顯然測(cè)試是有問(wèn)題的，Gaussian做DFT的效率還算可以。但是跨節(jié)點(diǎn)需要Linda版本，國(guó)內(nèi)買Linda的人很少。據(jù)說(shuō)使用Linda是可以用到一兩百核，效率還可以，但是計(jì)算頻率效率比較低。

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3樓2014-01-19 23:49:57

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abdoman

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引用回帖:

4樓: Originally posted by yongleli at 2014-01-20 05:10:58
我們這里的系統(tǒng)管理員測(cè)試過(guò)，高斯的linda版節(jié)點(diǎn)間效率特別差。
其實(shí)這東西關(guān)鍵還是內(nèi)存吧。我目前都是弄幾個(gè)節(jié)點(diǎn)，把內(nèi)存搞大，但是只用一個(gè)節(jié)點(diǎn)內(nèi)的CPU。...

想問(wèn)一下，你們節(jié)點(diǎn)間是千兆網(wǎng)線還是用IB連接的？

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5樓2014-01-20 08:48:01

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