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broken1999木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
Gaussian 軟件的并行效率
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pbs文件里可以指定一個(gè)核數(shù)，例如 “#PBS -l nodes=1:ppn=8” gjf文件里也可以指定一個(gè)核數(shù)，例如 " %proc=8" 最近做了一組測(cè)試，具體任務(wù)為計(jì)算單點(diǎn)能 1. pbs=8, gjf=8，運(yùn)算時(shí)間29h 2. pbs=8, gjf=1，運(yùn)算時(shí)間21.5h 3. pbs=1, gjf=8，運(yùn)算時(shí)間26h 4. pbs=1, gjf=1，運(yùn)算時(shí)間36h 由此衍生出兩個(gè)問(wèn)題： 1.機(jī)器調(diào)用的核的數(shù)目是由pbs文件決定，還是由gjf文件決定？ 2.高斯的并行效率如何？ ------------------------------------------------------------------------------------- 補(bǔ)充說(shuō)明一下，我的測(cè)試調(diào)用的CPU都在一個(gè)節(jié)點(diǎn)內(nèi)，沒(méi)有跨節(jié)點(diǎn)并行 [ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ] |
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gmy1990: 金幣+2 2014-02-11 01:55:30
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Gaussian用多少核由輸入文件設(shè)置，與pbs沒(méi)有關(guān)系，但兩者設(shè)置不一致會(huì)導(dǎo)致?lián)屬Y源或資源浪費(fèi) Gaussian并行效率相對(duì)低些，一般8核就差不多了，再高不值得 跨節(jié)點(diǎn)用linda效率也低，還要設(shè)一個(gè)文件否則用不起來(lái) 要想Gaussian快，關(guān)鍵是intel的cpu，就好安騰，效率高好多 還有內(nèi)存設(shè)置恰當(dāng)，不是越大越好 [ 發(fā)自小木蟲(chóng)客戶端 ] |
9樓2014-02-10 09:57:07
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理論上來(lái)說(shuō)是PBS決定一共申請(qǐng)多少可用資源，gjf決定用多少。 高斯并不會(huì)知道pbs的設(shè)置。如果你用pbs申請(qǐng)了100個(gè)節(jié)點(diǎn)，只指定用一個(gè)，那剩下99個(gè)就閑著。 每個(gè)版本的PBS不同，不過(guò)大部分PBS系統(tǒng)都是正節(jié)點(diǎn)分配的，不管你申請(qǐng)多少資源，都是至少給你1個(gè)節(jié)點(diǎn)，除非管理員設(shè)置了非并行隊(duì)列。所以即使你設(shè)置ppn=1，很多版本的PBS仍然會(huì)給你一整個(gè)節(jié)點(diǎn)，如果一個(gè)節(jié)點(diǎn)是24個(gè)處理器就還是可以有24個(gè)進(jìn)程。 |
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