lightgjx

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[求助] vasp 集群并行出錯(cuò)

我的集群編譯共兩臺(tái)機(jī)子，其中一臺(tái)為主服務(wù)器（主機(jī)名:node1），另外一臺(tái)作為客戶端(node2)，在并行編譯過程中按照網(wǎng)上的編譯方法都已經(jīng)成功，包括機(jī)子之間訪問無障礙，安裝mpich2，啟動(dòng)mpd（單機(jī)+多機(jī)都成功），實(shí)現(xiàn)了服務(wù)器/home共享，在客戶機(jī)掛載/home都沒有問題，但一旦開始運(yùn)行遇到兩個(gè)問題：
1、用mpirun -np 4 ./cpi  命令的時(shí)候出現(xiàn)以下錯(cuò)誤：
MPIR_Init_thread(188): Initialization failed
MPID_Init(118): channel initialization failed
MPIDI_CH3_Init(402): process not on the same host (node2 != node1)
rank 1 in job 1  scc-m_37184 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: return code 13
2、用mpiexec -machinefile  machinefile -n 4 ./cpi 出現(xiàn)以下錯(cuò)誤：
invalid mpiexec argument -machinefile
Usage: mpiexec -n -soft -host \
            -wdir -path \
            -file -configfile execname \
            [ : -n ... execname ]
這里為什么-machinefile參數(shù)不存在呀？？？？，另外使用-host參數(shù)的時(shí)候和沒有用沒什么區(qū)別。

還請(qǐng)高手指教那里出了問題。謝謝大家。困擾了很長(zhǎng)時(shí)間了。謝謝大家。

[ Last edited by lightgjx on 2012-7-8 at 07:30 ]

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1樓 2012-07-08 07:28:29

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snail594

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★
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xueht987: 金幣+1, 多謝指教，鼓勵(lì)交流！ 2012-07-08 15:37:38

mpich2的參數(shù)應(yīng)該是-f或者-file，你試試看，你這個(gè)是open-mpi的參數(shù)

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2樓2012-07-08 10:25:29

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引用回帖:

2樓: Originally posted by snail594 at 2012-07-08 10:25:29
mpich2的參數(shù)應(yīng)該是-f或者-file，你試試看，你這個(gè)是open-mpi的參數(shù)

還是不行：錯(cuò)誤如下：
[nis@scc-m ~]$  mpiexec -f machinefile  -np 4 /home/nis/mpich20/examples/cpi
invalid mpiexec argument -f
Usage: mpiexec -n -soft -host \
            -wdir -path \
            -file -configfile execname \
            [ : -n ... execname ]

[nis@scc-m ~]$  mpiexec -file machinefile  -np 4 /home/nis/mpich20/examples/cpi
invalid mpiexec argument -file
Usage: mpiexec -n -soft -host \
            -wdir -path \
            -file -configfile execname \
            [ : -n ... execname ]

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3樓2012-07-08 11:26:23

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

用mpiexec的時(shí)候，要建立一個(gè)hydronodes的file，而不是machinefile，同時(shí)用把這個(gè)文件加到環(huán)境變量里面去。

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4樓2012-07-08 20:46:31

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4樓: Originally posted by 04nylxb at 2012-07-08 20:46:31
用mpiexec的時(shí)候，要建立一個(gè)hydronodes的file，而不是machinefile，同時(shí)用把這個(gè)文件加到環(huán)境變量里面去。

加入環(huán)境變量的具體操作是怎么樣的。我怎么還是實(shí)現(xiàn)不了呀。另外，請(qǐng)問你知道我的第一個(gè)錯(cuò)誤時(shí)怎么回事嗎。

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5樓2012-07-08 22:03:18

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

5樓: Originally posted by lightgjx at 2012-07-08 22:03:18
加入環(huán)境變量的具體操作是怎么樣的。我怎么還是實(shí)現(xiàn)不了呀。另外，請(qǐng)問你知道我的第一個(gè)錯(cuò)誤時(shí)怎么回事嗎。...

hydranodes，環(huán)境變量如何操作請(qǐng)google
第一個(gè)問題感覺是你mpi沒有裝好，你先用它自帶的example試下，看看所有節(jié)點(diǎn)是否都跑通，mpi正常后，再調(diào)試vasp

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6樓2012-07-09 09:20:01

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6樓: Originally posted by 04nylxb at 2012-07-09 09:20:01
hydranodes，環(huán)境變量如何操作請(qǐng)google
第一個(gè)問題感覺是你mpi沒有裝好，你先用它自帶的example試下，看看所有節(jié)點(diǎn)是否都跑通，mpi正常后，再調(diào)試vasp...

謝謝你的回復(fù)。所有節(jié)點(diǎn)都能獨(dú)立運(yùn)行。就是不能一起工作。本身測(cè)試的時(shí)候就是用的example里面的例子。弄不明白

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7樓2012-07-09 12:11:37

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經(jīng)過艱苦的努力，終于弄明白了，原來我./configure 的時(shí)候加入了過多的參數(shù)設(shè)置。我用的是別人的東西，自己沒有真正弄懂，后來看了mpich的說明才知道參量多加了沒什么好處。多加的參量為：--with-device=ch3:shm --enable-threads=funneled --with-pm=mpd:gforker。雖然找到了原因，但這些參量究竟能起到什么作用我還是沒有全部弄明白。主要是調(diào)好了，就沒有心思去弄明白了。呵呵呵。

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8樓2012-07-12 08:21:10

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