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wangkaibo123榮譽(yù)版主 (職業(yè)作家)
kerry
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《讀懂天然產(chǎn)物》系列-16-皮氏反應(yīng)催化生物堿合成的“神奇之旅” 已有1人參與
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《讀懂天然產(chǎn)物系列》（新年伊始，讀懂天然產(chǎn)物系列作品將會(huì)陸續(xù)上傳，雖有自?shī)首詷?lè)之說(shuō)，但我們真切希望廣大蟲(chóng)友們能積極參與進(jìn)來(lái)，一起討論、學(xué)習(xí)。歡迎各位蟲(chóng)友前往閱讀、訂閱及留言） 淘帖鏈接：http://www.gaoyang168.com/bbs/taotie.php?action=view&ttid=55868 上一帖：《讀懂天然產(chǎn)物系列》-15-基因與化學(xué)聯(lián)姻：破譯生物合成70年未解之謎 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=8506439&fpage=1 您的選擇：《讀懂天然產(chǎn)物系列》誠(chéng)邀您撰寫(xiě)屬于您自己的文獻(xiàn)評(píng)論！ 撰寫(xiě)鏈接： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7732034&fpage=1 故事從1911年說(shuō)起，在瑞士日內(nèi)瓦大學(xué)，當(dāng)兩位著名的化學(xué)家Ame Pictet 和Theodor Spengler將-苯乙胺與甲醛縮二甲醇兩種物質(zhì)在鹽酸條件下加熱時(shí)，神奇的環(huán)加成反應(yīng)發(fā)生了，這就是著名的皮氏反應(yīng)（Pictet-Spengler Reaction，PSR）.皮氏反應(yīng)至發(fā)現(xiàn)以來(lái)，已有超過(guò)100年的歷史，100多年來(lái)，即使到現(xiàn)在，該反應(yīng)在異喹啉類(lèi)及吲哚類(lèi)生物堿的合成中都發(fā)揮了巨大的作用，為人類(lèi)的醫(yī)藥事業(yè)發(fā)揮了不可估量的價(jià)值，可以說(shuō)是最成功的合成反應(yīng)之一。但是，在神奇的自然界，該反應(yīng)則不止百年的歷史，我們可以追溯到6000年以前，在那個(gè)時(shí)候，PS反應(yīng)合成的重要生物堿--嗎啡，則已然在自然界存在。人類(lèi)利用嗎啡作為藥物，基本同步與人類(lèi)文明的起源，埃及有明文記載：在3500年前，嗎啡曾作為補(bǔ)藥被人類(lèi)食用。由此可見(jiàn)，自然界的卓越才華，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)了人類(lèi)的智慧，我們完全有理由，有信心去探尋自然界中更多的化合物，更多的天然藥物，發(fā)現(xiàn)更多有趣的有機(jī)催化反應(yīng)。接下來(lái)，我將首先簡(jiǎn)單介紹催化PS反應(yīng)的幾種酶。 1. Strictosidine Synthases (STRs)：這是發(fā)現(xiàn)并分離純化得到的第一個(gè)催化PS反應(yīng)的酶，與1975年由耶魯大學(xué)的科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，相關(guān)成果發(fā)表于A. I. Scott, S. L. Lee, J. Am. Chem. Soc.1975, 97, 6906 – 6908.（附件參考文獻(xiàn)1）。這類(lèi)酶主要催化單萜吲哚類(lèi)生物堿的生物合成，迄今大約有2500多種此類(lèi)型的單萜吲哚生物堿由此酶催化而得。該類(lèi)酶的立體結(jié)構(gòu)已經(jīng)被確定，有多種亞型，相關(guān)文獻(xiàn)見(jiàn)附件2,3。該酶催化的主要類(lèi)型生物堿合成如下圖。 2. Strictosidine Synthases (NCS)：這是發(fā)現(xiàn)并分離純化得到的第二個(gè)催化PS反應(yīng)的酶，與STRs酶發(fā)現(xiàn)之后不久得到。這類(lèi)酶主要催化異喹啉類(lèi)生物堿的生物合成，至今發(fā)現(xiàn)大約有3000多種此類(lèi)型的生物堿。該類(lèi)酶的立體結(jié)構(gòu)也已經(jīng)被確定，相關(guān)文獻(xiàn)見(jiàn)附件4。該酶催化的主要類(lèi)型生物堿合成如下圖。 3. non-ribosomal peptide synthetase SfmC：這是一種有開(kāi)發(fā)潛力的抗癌藥Saframycin A的生物合成酶，該化合物的形成需要該酶的催化，相關(guān)結(jié)果發(fā)表于Nature chemical biology（附件文獻(xiàn)5）。該酶催化形成Saframycin A的途徑如下圖。 4 McbB：這是一種催化卡波林生物堿合成的酶，由南海海洋研究所鞠建華老師課題組鑒定發(fā)現(xiàn)，這是本次重點(diǎn)介紹的文獻(xiàn)。文獻(xiàn)信息（附件文獻(xiàn)6）： 卡波林生物堿亦是由PS反應(yīng)催化而來(lái)，但是該類(lèi)生物堿結(jié)構(gòu)骨架沒(méi)有單萜吲哚生物堿復(fù)雜，因此合成該類(lèi)化合物的酶應(yīng)不同于單萜吲哚生物堿，探測(cè)卡波林生物堿合成的酶將具有重要意義，本次實(shí)驗(yàn)結(jié)果也為卡波林生物堿的研究以及該類(lèi)生物堿的合成提供重要的參考。 文章中主要是鑒定控制該類(lèi)酶合成的基因簇，通過(guò)基因組成可以判斷組成該酶的氨基酸是什么，但是，酶蛋白的三維立體結(jié)構(gòu)并不能得到，還需廣泛的實(shí)驗(yàn)進(jìn)行進(jìn)一步研究。文章中的卡波林類(lèi)生物堿分離自深海海洋微生物，給基因簇的確定提供了可能。 文章中， 1、作者首先觀察分離得到的生物堿的共同特征：芳香取代的乙胺基、不飽和的C環(huán)。則推測(cè)負(fù)責(zé)卡波林母核構(gòu)建的酶應(yīng)具有脫羧酶和脫氫或者氧化酶的活性，進(jìn)而進(jìn)行散彈法基因篩選，同時(shí)考慮到化合物1涉及酰胺鍵的合成，最終鎖定DNA骨架中27號(hào)位置應(yīng)該負(fù)責(zé)卡波林母核的構(gòu)建。進(jìn)而通過(guò)質(zhì)粒異源性表達(dá)確定27號(hào)位置中11.2kb長(zhǎng)度的DNA片段中包含13個(gè)開(kāi)放性閱讀框架的DNA片段負(fù)責(zé)MCB卡波林骨架的構(gòu)建。2、通過(guò)基因突變的發(fā)酵實(shí)驗(yàn)，確定13個(gè)開(kāi)放性框架中-7到-1，+1到+3均未參與催化作用，至此目標(biāo)基因縮小至A,B,C 3個(gè)基因片段�；蛐畔W(xué)分析結(jié)合與已知基因功能比對(duì)，確定A為乙酰輔酶A連接酶，B為卡波林母核構(gòu)建酶，C為脫羧酶。3、為了進(jìn)一步驗(yàn)證ABC 3個(gè)酶足夠進(jìn)行MCB化合物的生合成，進(jìn)行基因克隆實(shí)驗(yàn)，發(fā)酵分離，結(jié)果證實(shí)了3個(gè)酶足夠進(jìn)行卡波林母核的構(gòu)建，同時(shí)確定酶B單獨(dú)即可形成卡波林類(lèi)化合物。但是母核構(gòu)建時(shí)C3單元不能確定來(lái)自什么地方，作者推測(cè)可能來(lái)自丙酮酸類(lèi)的直接的C3單元。4、用同位素標(biāo)記的方法探索C3單元來(lái)自何處，一系列同位素培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)最終證明C3單元來(lái)自二個(gè)乙酸單元。至此，實(shí)驗(yàn)還沒(méi)有結(jié)束，作者又想探索酶B中哪些氨基酸為主要負(fù)責(zé)催化的活性氨基酸。5、進(jìn)行基因突變發(fā)酵培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)，結(jié)果證明酶B中的N-末端殘基主要參與了骨架的構(gòu)建，同時(shí)發(fā)現(xiàn)E97氨基酸殘基是催化反應(yīng)進(jìn)行，必不可少的功能基團(tuán)。6、到這兒，整個(gè)實(shí)驗(yàn)畫(huà)個(gè)完美的句點(diǎn)，作者總結(jié)以上實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，提出了化合物1-6的生合成路線(xiàn)，見(jiàn)下圖。同時(shí)，作者對(duì)各個(gè)反應(yīng)進(jìn)行思考總結(jié)，并于化學(xué)催化的PS反應(yīng)進(jìn)行比較，提出氧化反應(yīng)為整個(gè)反應(yīng)的限速步驟。整個(gè)實(shí)驗(yàn)思路明確，工作細(xì)致嚴(yán)謹(jǐn)，工作量大，確實(shí)為一篇非常優(yōu)秀的科研性論文，值得深入學(xué)習(xí)。該文章同時(shí)擴(kuò)展了卡波林生物堿的生物合成知識(shí)，也為探測(cè)新類(lèi)型的含有卡波林母核的天然產(chǎn)物的發(fā)現(xiàn)提供了理論性指導(dǎo)。 討論： 在閱讀中，我注意到一個(gè)問(wèn)題，STRs催化形成的是3S構(gòu)型的產(chǎn)物，NCS催化形成S構(gòu)型產(chǎn)物， non-ribosomal peptide synthetase SfmC亦催化形成立體單一性產(chǎn)物，但是在簡(jiǎn)單卡波林生物堿的合成中，則出現(xiàn)了消旋體的產(chǎn)物，如下圖化合物3abcd（文獻(xiàn)7）。請(qǐng)大家分析討論為什么會(huì)出現(xiàn)這種情況，望不惜賜教。 以上即為本人對(duì)PS反應(yīng)的簡(jiǎn)單看法，相關(guān)文獻(xiàn)請(qǐng)見(jiàn)附件！由于個(gè)人水平有限，評(píng)論過(guò)程中一定有很多不足，請(qǐng)各位蟲(chóng)友見(jiàn)諒，并提出寶貴意見(jiàn)，謝謝！[ Last edited by wangkaibo123 on 2015-3-12 at 22:10 ] |
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- 附件 6 : 6_Angew_2014_鞠建華_卡波林生物堿生物合成研究_SI.pdf
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zhutao41
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9樓2015-03-12 15:12:30
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3樓2015-03-12 12:43:55
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5樓2015-03-12 13:02:40
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