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[求助]
急，求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否適用于無(wú)水環(huán)境 已有1人參與
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| 各位蟲友，求幫忙。我的MD模擬中有一部分是探究水分子存在對(duì)體系的影響，因此利用自編腳本將體系中的水分子去除了。但是現(xiàn)在有一個(gè)問(wèn)題是，現(xiàn)在多數(shù)力場(chǎng)都是針對(duì)溶劑相的，不知我所用的這個(gè)charmm27力場(chǎng)是否可以同樣應(yīng)用在這個(gè)無(wú)水體系中呢？求蟲友指點(diǎn)，或者有相關(guān)文獻(xiàn)也可以啊，臨近畢業(yè)需要解決這個(gè)問(wèn)題，多謝多謝！ |
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2樓2015-03-18 08:39:00
polypro
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
yylcx(abinitio代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-03-18 09:42:59
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yylcx(abinitio代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-03-18 09:42:59
| CHARMM力場(chǎng)是針對(duì)真空環(huán)境計(jì)算擬合出來(lái)的，溶劑條件只改變介電常數(shù)，即要考慮溶劑時(shí)，需要對(duì)不同暴露殘基靜電力計(jì)算使用不同的介電常數(shù)即可；去掉溶劑或作真空處理，或用implicit solvent處理，看怎么處理介電常數(shù)就行了 |
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yylcx
3樓2015-03-18 08:54:59
4樓2015-03-18 14:19:25
polypro
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yylcx: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-03-18 18:27:03
yylcx: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-03-18 18:27:03
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CHARMM力場(chǎng)的原始文獻(xiàn)有清晰表述，Brooks BR, Brooks CL, Mackerell AD, Nilsson L, Petrella RJ, Roux B, Won Y, Archontis G, Bartels C, Boresch S, Caflisch A, Caves L, Cui Q, Dinner AR, Feig M, Fischer S, Gao J, Hodoscek M, Im W, Kuczera K, Lazaridis T, Ma J, Ovchinnikov V, Paci E, Pastor RW, Post CB, Pu JZ, Schaefer M, Tidor B, Venable RM, Woodcock HL, Wu X, Yang W, York DM, & Karplus M CHARMM: The Biomolecular Simulation Program. J. Comput. Chem. 2009, 30(10):1545-1614. |
5樓2015-03-18 14:50:43
6樓2015-03-18 18:26:51
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