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[求助]
急，求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否適用于無水環(huán)境 已有1人參與
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| 各位蟲友，求幫忙。我的MD模擬中有一部分是探究水分子存在對體系的影響，因此利用自編腳本將體系中的水分子去除了。但是現(xiàn)在有一個問題是，現(xiàn)在多數(shù)力場都是針對溶劑相的，不知我所用的這個charmm27力場是否可以同樣應(yīng)用在這個無水體系中呢？求蟲友指點(diǎn)，或者有相關(guān)文獻(xiàn)也可以啊，臨近畢業(yè)需要解決這個問題，多謝多謝！ |
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已經(jīng)有6人回復(fù)
2樓2015-03-18 08:39:00
polypro
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 197 (高中生)
- 金幣: 3921.3
- 散金: 160
- 紅花: 22
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yylcx
3樓2015-03-18 08:54:59
4樓2015-03-18 14:19:25
polypro
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yylcx: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-03-18 18:27:03
yylcx: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-03-18 18:27:03
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CHARMM力場的原始文獻(xiàn)有清晰表述，Brooks BR, Brooks CL, Mackerell AD, Nilsson L, Petrella RJ, Roux B, Won Y, Archontis G, Bartels C, Boresch S, Caflisch A, Caves L, Cui Q, Dinner AR, Feig M, Fischer S, Gao J, Hodoscek M, Im W, Kuczera K, Lazaridis T, Ma J, Ovchinnikov V, Paci E, Pastor RW, Post CB, Pu JZ, Schaefer M, Tidor B, Venable RM, Woodcock HL, Wu X, Yang W, York DM, & Karplus M CHARMM: The Biomolecular Simulation Program. J. Comput. Chem. 2009, 30(10):1545-1614. |
5樓2015-03-18 14:50:43
6樓2015-03-18 18:26:51
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