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[求助]
急，求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否適用于無水環(huán)境 已有1人參與
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| 各位蟲友，求幫忙。我的MD模擬中有一部分是探究水分子存在對(duì)體系的影響，因此利用自編腳本將體系中的水分子去除了。但是現(xiàn)在有一個(gè)問題是，現(xiàn)在多數(shù)力場(chǎng)都是針對(duì)溶劑相的，不知我所用的這個(gè)charmm27力場(chǎng)是否可以同樣應(yīng)用在這個(gè)無水體系中呢？求蟲友指點(diǎn)，或者有相關(guān)文獻(xiàn)也可以啊，臨近畢業(yè)需要解決這個(gè)問題，多謝多謝！ |
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已經(jīng)有6人回復(fù)
6樓2015-03-18 18:26:51
2樓2015-03-18 08:39:00
polypro
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 197 (高中生)
- 金幣: 3921.3
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- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
yylcx(abinitio代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-03-18 09:42:59
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
yylcx(abinitio代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-03-18 09:42:59
| CHARMM力場(chǎng)是針對(duì)真空環(huán)境計(jì)算擬合出來的，溶劑條件只改變介電常數(shù)，即要考慮溶劑時(shí)，需要對(duì)不同暴露殘基靜電力計(jì)算使用不同的介電常數(shù)即可；去掉溶劑或作真空處理，或用implicit solvent處理，看怎么處理介電常數(shù)就行了 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
yylcx
3樓2015-03-18 08:54:59
4樓2015-03-18 14:19:25
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