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小豆芽_won銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助為什么PCR條帶比目的條帶大很多 已有3人參與
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| 在提取基因組后用設計的引物進行PCR，用的ExTaq酶，延伸時間是1分鐘。我的目的基因為1080bp而跑出的條帶比2000的MAKER也要大很多，但條帶不是很亮。想知道有哪些可能得原因。 |
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4樓2015-03-26 14:33:04
18761615793
木蟲 (正式寫手)
小蟲
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2樓2015-03-26 13:09:13
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
小豆芽_won: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-03-27 15:41:23
感謝參與，應助指數(shù) +1
小豆芽_won: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-03-27 15:41:23
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你這個問題先要搞清楚幾個前提： 第一，你所設計的引物是在基因組上還是cDNA上，如果在cDNA上，用基因組為模板PCR，中間如果有個內含子，擴增的片段就會比預期的要大； 第二，你擴增出的這個片段是否測序，有可能是非特異性片段，建議引物在基因組數(shù)據庫做個BLAST比對，排除非特異性擴增可能； 第三，可能是存在序列多態(tài)性，有些片段是可以移動的，比如轉座子，我碰到過，中間插入一段或者缺失一段也可能導致這個現(xiàn)象，建議排查。 祝你好運 |
3樓2015-03-26 13:23:54
小豆芽_won
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5樓2015-03-27 15:24:29
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