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[求助]
系統(tǒng)發(fā)育樹 已有6人參與
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各位同仁大家好： 本人本科時學園林，研究生突然轉(zhuǎn)戰(zhàn)內(nèi)生菌，現(xiàn)在建一個系統(tǒng)發(fā)育樹，可是做出來有點怪，用DNAman做的，可是分支不明顯，bootstrap 10000次，是不是我選擇的同源性的序列有問題，現(xiàn)在急著分析，希望大家?guī)臀铱纯磫栴}出在什么地方了，小女子不勝感激！ DXE}13D5KDB)6I552BZOMGI.png |
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5樓2015-03-31 18:27:07
444565008qq
新蟲 (小有名氣)
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2樓2015-03-31 15:45:09
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+3, 鼓勵交流 2015-05-28 08:32:12
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kx444555: 金幣+3, 鼓勵交流 2015-05-28 08:32:12
| 你這附圖太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就夠了，不過這個應(yīng)該影響不大，分支不明顯除了和序列的選擇有關(guān)，也和你建樹的方法有一點相關(guān)，可以嘗試用不同的算法建樹，序列的選擇可以選擇和它相似性高的多種菌屬還有模式生物，常見的菌屬都可以。其次也要注意下進化距離和bootstrap值，比如通常進化距離為0.000然后bootstrap值為100或者99的說明選的這兩個序列是同一個東西，可以剔除掉一個，這樣之后做的進化樹就會比較準一點，還有就是最好不要選擇序列長度差異太大的，譬如10個序列有8個長度差不多，但是有2個小很多的，這樣你做出來的樹也是有問題的。除非如果是客觀就有差異的話。 |
3樓2015-03-31 16:21:14
4樓2015-03-31 18:25:25
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