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fcff123新蟲 (初入文壇)
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[求助]
系統(tǒng)發(fā)育樹 已有6人參與
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各位同仁大家好： 本人本科時(shí)學(xué)園林，研究生突然轉(zhuǎn)戰(zhàn)內(nèi)生菌，現(xiàn)在建一個(gè)系統(tǒng)發(fā)育樹，可是做出來有點(diǎn)怪，用DNAman做的，可是分支不明顯，bootstrap 10000次，是不是我選擇的同源性的序列有問題，現(xiàn)在急著分析，希望大家?guī)臀铱纯磫栴}出在什么地方了，小女子不勝感激！ DXE}13D5KDB)6I552BZOMGI.png |
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8樓2015-05-27 14:46:36
444565008qq
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
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- 帖子: 135
- 在線: 41.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 3536386
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- 專業(yè): 分子與進(jìn)化生態(tài)學(xué)
2樓2015-03-31 15:45:09
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2015-05-28 08:32:12
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kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2015-05-28 08:32:12
| 你這附圖太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就夠了，不過這個(gè)應(yīng)該影響不大，分支不明顯除了和序列的選擇有關(guān)，也和你建樹的方法有一點(diǎn)相關(guān)，可以嘗試用不同的算法建樹，序列的選擇可以選擇和它相似性高的多種菌屬還有模式生物，常見的菌屬都可以。其次也要注意下進(jìn)化距離和bootstrap值，比如通常進(jìn)化距離為0.000然后bootstrap值為100或者99的說明選的這兩個(gè)序列是同一個(gè)東西，可以剔除掉一個(gè)，這樣之后做的進(jìn)化樹就會(huì)比較準(zhǔn)一點(diǎn)，還有就是最好不要選擇序列長度差異太大的，譬如10個(gè)序列有8個(gè)長度差不多，但是有2個(gè)小很多的，這樣你做出來的樹也是有問題的。除非如果是客觀就有差異的話。 |
3樓2015-03-31 16:21:14
4樓2015-03-31 18:25:25
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