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chuntao118

新蟲 (著名寫手)

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[求助] site-site correlation functions 與徑向分布函數(shù)的區(qū)別與聯(lián)系已有2人參與

請教各位研究分子結(jié)構(gòu)的，通常我們所說的site-site correlation functions ,the pair correlation function and site-site radial distribution function是不是一個(gè)概念？
在這里我個(gè)人認(rèn)為：the pair correlation function and site-site radial distribution function是同一個(gè)概念只是表述不一樣罷了。但是對于site-site correlation functions怎么感覺有點(diǎn)怪怪的至今沒有找到原始的確切定義，只是在文獻(xiàn)“molecular dynamics simulation of dense fluid methane"中的一個(gè)解釋：”The site-site correlation function is proportional to the probability density of finding the B-site of some molecule at a distance r_AB from the A-site of some different molecule.“我個(gè)人理解這三者的定義是一致的都是：”給定某個(gè)粒子的坐標(biāo)，其他粒子在空間的分布幾率“，不過我直接按照徑向分布函數(shù)來模擬的結(jié)果和文獻(xiàn)的結(jié)果相差甚遠(yuǎn)附件中附上這篇文獻(xiàn)，希望知道的能夠指點(diǎn)一二。

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附件 1 : R1979Molecular_dynamics_simulation_of_dense_fluid_methane研究粗粒化甲烷用.pdf

2015-04-01 10:47:03, 581.13 K

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1樓 2015-04-01 10:51:43

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abinitio

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用scholor google一下，發(fā)現(xiàn)還有這種說法，Site–site pair correlation functions，我想應(yīng)該一樣的

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2樓2015-04-01 11:10:41

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lsloneil

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chuntao118: 金幣+50, ★★★很有幫助, 謝謝了，我再看看吧？我也懷疑可能是力場參數(shù)吧！但是采用的力場參數(shù)是那篇文獻(xiàn)的力場參數(shù)和模型。徑向分布函數(shù)的成沒有問題，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
abinitio: 金幣+2, 感謝精彩應(yīng)助！ 2015-04-01 17:19:25

你的理解基本正確，兩者是差不多的東西，本質(zhì)都是概率密度函數(shù)。

site-site correlation function一般是針對不同分子間的原子對的，為了描述原子位置間的關(guān)聯(lián)，通常除了原子間距離外，還要考慮分子間的取向(orientation, 一般用歐拉角來表示），詳細(xì)介紹可以看Theory of Simple Liquids (Hansen and McDonald ) 11.3節(jié)。

但你這篇文獻(xiàn)里在算site-site correlation function已經(jīng)對所有取向求平均了，所以和一般的徑向分布函數(shù)沒有太大區(qū)別。至于你為什么和文獻(xiàn)中不一致，原因很難說，你得檢查你的力場參數(shù)和設(shè)置，同時(shí)檢查你的rdf計(jì)算程序，一個(gè)比較常見的錯(cuò)誤是計(jì)算這樣的rdf時(shí)包含了分子內(nèi)的貢獻(xiàn)，也就是說計(jì)算A與B原子的rdf時(shí)不應(yīng)該考慮A和B處于同一個(gè)分子內(nèi)的情況，否則的話你的rdf在短距離內(nèi)會出現(xiàn)一個(gè)大峰。

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