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chuntao118新蟲 (著名寫手)
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[求助]
site-site correlation functions 與徑向分布函數(shù)的區(qū)別與聯(lián)系 已有2人參與
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請教各位研究分子結構的，通常我們所說的site-site correlation functions ,the pair correlation function and site-site radial distribution function是不是一個概念？ 在這里我個人認為：the pair correlation function and site-site radial distribution function是同一個概念只是表述不一樣罷了。但是對于site-site correlation functions怎么感覺有點怪怪的至今沒有找到原始的確切定義，只是在文獻“molecular dynamics simulation of dense fluid methane"中的一個解釋：”The site-site correlation function is proportional to the probability density of finding the B-site of some molecule at a distance r_AB from the A-site of some different molecule.“我個人理解這三者的定義是一致的都是：”給定某個粒子的坐標，其他粒子在空間的分布幾率“，不過我直接按照徑向分布函數(shù)來模擬的結果和文獻的結果相差甚遠附件中附上這篇文獻，希望知道的能夠指點一二。 |
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2015-04-01 10:47:03, 581.13 K
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樓上講得沒錯，就是速度反向了。 如果你在網(wǎng)上輸入negative velocity autocorrelation function，就會發(fā)現(xiàn)有很多網(wǎng)頁和文獻討論這個，比如這個 (Page 4) http://ocw.mit.edu/courses/nucle ... ture-notes/lec3.pdf 說白了就是分子撞上了它周圍的分子被反彈了回來。一般用cage effect （中文翻譯成什么？籠子效應？）簡單解釋一下就行了。 cage effect，簡單說來，就是粒子的擴散，要首先跳出它周圍溶劑分子組成的籠子。這個籠子不是固定的，是活動的（因為溶劑分子也在運動），粒子跳出這個籠子的過程，是一個弛豫的過程，勢必要與構成籠子的分子發(fā)生碰撞，反映在VACF上就是一個負值，反映在MSD上就是MSD一開始的一段不呈線性。 |
8樓2015-04-06 11:43:05
abinitio
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【答案】應助回帖
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感謝參與，應助指數(shù) +1
chuntao118: 金幣+50, ★★★很有幫助, 謝謝了，我再看看吧？我也懷疑可能是力場參數(shù)吧！但是采用的力場參數(shù)是那篇文獻的力場參數(shù)和模型。徑向分布函數(shù)的成沒有問題，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
abinitio: 金幣+2, 感謝精彩應助！ 2015-04-01 17:19:25
感謝參與，應助指數(shù) +1
chuntao118: 金幣+50, ★★★很有幫助, 謝謝了，我再看看吧？我也懷疑可能是力場參數(shù)吧！但是采用的力場參數(shù)是那篇文獻的力場參數(shù)和模型。徑向分布函數(shù)的成沒有問題，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
abinitio: 金幣+2, 感謝精彩應助！ 2015-04-01 17:19:25
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你的理解基本正確，兩者是差不多的東西，本質(zhì)都是概率密度函數(shù)。 site-site correlation function一般是針對不同分子間的原子對的，為了描述原子位置間的關聯(lián)，通常除了原子間距離外，還要考慮分子間的取向(orientation, 一般用歐拉角來表示），詳細介紹可以看Theory of Simple Liquids (Hansen and McDonald ) 11.3節(jié)。 但你這篇文獻里在算site-site correlation function已經(jīng)對所有取向求平均了，所以和一般的徑向分布函數(shù)沒有太大區(qū)別。至于你為什么和文獻中不一致，原因很難說，你得檢查你的力場參數(shù)和設置，同時檢查你的rdf計算程序，一個比較常見的錯誤是計算這樣的rdf時包含了分子內(nèi)的貢獻，也就是說計算A與B原子的rdf時不應該考慮A和B處于同一個分子內(nèi)的情況，否則的話你的rdf在短距離內(nèi)會出現(xiàn)一個大峰。 |
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chuntao1183樓2015-04-01 11:38:20
chuntao118
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