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chuntao118新蟲 (著名寫手)
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[求助]
site-site correlation functions 與徑向分布函數(shù)的區(qū)別與聯(lián)系 已有2人參與
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請(qǐng)教各位研究分子結(jié)構(gòu)的，通常我們所說的site-site correlation functions ,the pair correlation function and site-site radial distribution function是不是一個(gè)概念？ 在這里我個(gè)人認(rèn)為：the pair correlation function and site-site radial distribution function是同一個(gè)概念只是表述不一樣罷了。但是對(duì)于site-site correlation functions怎么感覺有點(diǎn)怪怪的至今沒有找到原始的確切定義，只是在文獻(xiàn)“molecular dynamics simulation of dense fluid methane"中的一個(gè)解釋：”The site-site correlation function is proportional to the probability density of finding the B-site of some molecule at a distance r_AB from the A-site of some different molecule.“我個(gè)人理解這三者的定義是一致的都是：”給定某個(gè)粒子的坐標(biāo)，其他粒子在空間的分布幾率“，不過我直接按照徑向分布函數(shù)來模擬的結(jié)果和文獻(xiàn)的結(jié)果相差甚遠(yuǎn)附件中附上這篇文獻(xiàn)，希望知道的能夠指點(diǎn)一二。 |
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2015-04-01 10:47:03, 581.13 K
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【答案】應(yīng)助回帖
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chuntao118: 金幣+50, ★★★很有幫助, 謝謝了，我再看看吧？我也懷疑可能是力場(chǎng)參數(shù)吧！但是采用的力場(chǎng)參數(shù)是那篇文獻(xiàn)的力場(chǎng)參數(shù)和模型。徑向分布函數(shù)的成沒有問題，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
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你的理解基本正確，兩者是差不多的東西，本質(zhì)都是概率密度函數(shù)。 site-site correlation function一般是針對(duì)不同分子間的原子對(duì)的，為了描述原子位置間的關(guān)聯(lián)，通常除了原子間距離外，還要考慮分子間的取向(orientation, 一般用歐拉角來表示），詳細(xì)介紹可以看Theory of Simple Liquids (Hansen and McDonald ) 11.3節(jié)。 但你這篇文獻(xiàn)里在算site-site correlation function已經(jīng)對(duì)所有取向求平均了，所以和一般的徑向分布函數(shù)沒有太大區(qū)別。至于你為什么和文獻(xiàn)中不一致，原因很難說，你得檢查你的力場(chǎng)參數(shù)和設(shè)置，同時(shí)檢查你的rdf計(jì)算程序，一個(gè)比較常見的錯(cuò)誤是計(jì)算這樣的rdf時(shí)包含了分子內(nèi)的貢獻(xiàn)，也就是說計(jì)算A與B原子的rdf時(shí)不應(yīng)該考慮A和B處于同一個(gè)分子內(nèi)的情況，否則的話你的rdf在短距離內(nèi)會(huì)出現(xiàn)一個(gè)大峰。 |
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chuntao1183樓2015-04-01 11:38:20
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7樓2015-04-05 15:13:34
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樓上講得沒錯(cuò)，就是速度反向了。 如果你在網(wǎng)上輸入negative velocity autocorrelation function，就會(huì)發(fā)現(xiàn)有很多網(wǎng)頁和文獻(xiàn)討論這個(gè)，比如這個(gè) (Page 4) http://ocw.mit.edu/courses/nucle ... ture-notes/lec3.pdf 說白了就是分子撞上了它周圍的分子被反彈了回來。一般用cage effect （中文翻譯成什么？籠子效應(yīng)？）簡(jiǎn)單解釋一下就行了。 cage effect，簡(jiǎn)單說來，就是粒子的擴(kuò)散，要首先跳出它周圍溶劑分子組成的籠子。這個(gè)籠子不是固定的，是活動(dòng)的（因?yàn)槿軇┓肿右苍谶\(yùn)動(dòng)），粒子跳出這個(gè)籠子的過程，是一個(gè)弛豫的過程，勢(shì)必要與構(gòu)成籠子的分子發(fā)生碰撞，反映在VACF上就是一個(gè)負(fù)值，反映在MSD上就是MSD一開始的一段不呈線性。 |
8樓2015-04-06 11:43:05
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十分感謝！下面這個(gè)圖是我在粗�；竽M得到的速度自相關(guān)函數(shù)，在剛開始時(shí)不久就出現(xiàn)了負(fù)值，隨后逐漸的趨近于0，同時(shí)不難發(fā)現(xiàn)在趨近于0后，還不是穩(wěn)定在與0，而是出現(xiàn)負(fù)值方向輕微波動(dòng)，這怎么解釋比較好，通常我看到的文獻(xiàn)上都沒有很詳細(xì)的分析這些原因，總是感覺怪怪的，是不是粗�；筮x擇的力場(chǎng)有關(guān)？還是優(yōu)化粗�；�(chǎng)時(shí)忽略的原子微觀信息所導(dǎo)致的？ export.png |
10樓2015-04-06 12:23:12
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