 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1212 | 回復(fù): 7 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[求助]
NAMD中立方水體的生成 已有1人參與
|
||
|
我在做膠原蛋白的立方水體生成時(shí) 輸入package require solvate 后得到的是1.5 然后輸入solvate bkv.psf bkv.pdb –t 5 –o bkv_wb 得不到立方水體的結(jié)構(gòu)圖，也得不到wb的psf和pdb文件，顯示的是下面這些， Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1?> <option2?>... Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>... to just create a water box Info) Options: Info) -o <output prefix> (data will be written to output.psf/output.pdb) Info) -s <segid prefix> (should be either one or two letters; default WT) Info) -b <boundary> (minimum distance between water and solute, default 2.4) Info) -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}} Info) -rotate (rotate molecule to minimize water volume) Info) -rotsel <selection> (selection of atoms to check for rotation) Info) -rotinc <increment> (degree increment for rotation) Info) -t <pad in all directions> (override with any of the following) Info) -x <pad negative x> Info) -y <pad negative y> Info) -z <pad negative z> Info) +x <pad positive x> Info) +y <pad positive y> Info) +z <pad positive z> Info) The following options allow the use of solvent other than water: Info) -spsf <solventpsf> (PSF file for nonstandard solvent) Info) -spdb <solventpdb> (PDB file for nonstandard solvent) Info) -stop <solventtop> (Topology file for nonstandard solvent) Info) -ws <size> (Box length for nonstandard solvent) Info) -ks <keyatom> (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent) 這是什么原因��？菜鳥急求，各路高手幫幫忙。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有18人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280分求調(diào)劑 一志愿085802
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0854電子信息求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
263求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
石河子大學(xué)（211、雙一流）碩博研究生長期招生公告
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿西安交通大學(xué)材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助NAMD模擬后的結(jié)果如何處理
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 我們課題組招聘，MD 模擬方面——最好精于NAMD gromacs 做生物分子模擬
已經(jīng)有55人回復(fù)
- 對未知野生質(zhì)粒如何確定它是否帶抗性基因
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 怎么斷定一個(gè)水體是幾類水體
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】NAMD求助
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】NAMD: water box時(shí)，立方水體的邊界該怎樣確定？先謝了
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】如何求水分子半徑
已經(jīng)有3人回復(fù)
4樓2015-06-10 21:59:50
2樓2015-06-09 17:13:05
3樓2015-06-10 15:08:04
5樓2015-06-11 10:27:06
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +12 | 申子申申 2026-03-19 | 18/900 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 濤濤Wjt 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學(xué)材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑 +11 | 楓橋ZL 2026-03-18 | 13/650 |
|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +5 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +7 | 懷瑾握瑜l 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考博] 招收博士1-2人 +3 | QGZDSYS 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 336求調(diào)劑 +5 | rmc8866 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑0854 +3 | assdll 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | Jack?k?y 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國石油大學(xué)（華東） 本科齊魯工業(yè)大學(xué) +3 | 石能偉 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南師大 070300（化學(xué)）304分求調(diào)劑 +3 | 0703武芊慧雪304 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | www_q 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 南京大學(xué)化學(xué)376求調(diào)劑 +3 | hisfailed 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +4 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +9 | 想上學(xué)吖吖 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 08工學(xué)調(diào)劑 +5 | 用戶573181 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考博] 申博26年 +3 | 八6八68 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料考研調(diào)劑 +3 | xwt。 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專利一項(xiàng)省級立項(xiàng) +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|