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sunnuan

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在VMD中調(diào)用solvate 1.4 后，輸入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，為什么圖形窗口中球形水體包圍蛋白沒有變?yōu)榱⒎叫蔚乃w包圍蛋白？且沒有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb兩個(gè)文件？
我是按照NAMD教程一步步來的，最近剛接觸NAMD軟件，周圍也沒有人用，請(qǐng)高手幫忙解答！

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1樓 2011-03-29 15:51:58

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ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-03-30 12:47:16

Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
......
Info)    -t (override with any of the following)
......
Info)    -x
Info)    -y
Info)    -z
Info)    +x
Info)    +y
Info)    +z

-t: 加的是溶劑球。
-x -y -z +x +y +z : 加的才是  溶劑盒子。

[ Last edited by superdirac on 2011-3-29 at 17:54 ]

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2樓2011-03-29 17:52:45

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ghcacj(金幣+1): 謝謝 2011-03-30 12:47:43

引用回帖:

Originally posted by sunnuan at 2011-03-29 15:51:58:
在VMD中調(diào)用solvate 1.4 后，輸入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，為什么圖形窗口中球形水體包圍蛋白沒有變?yōu)榱⒎叫蔚乃w包圍蛋白？且沒有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb兩個(gè)文件？
我是按照NA ...

加溶劑是 -x -y -z +x +y +z

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3樓2011-03-29 21:17:29

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引用回帖:

Originally posted by superdirac at 2011-03-29 17:52:45:
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1?> <option2?>...
Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>... to just create a water box
Info) Options:
... ...

>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
Info)    -o (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)    -s (should be either one or two letters; default WT)
Info)    -b (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)    -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)    -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)    -rotsel (selection of atoms to check for rotation)
Info)    -rotinc (degree increment for rotation)
Info)    -t (override with any of the following)
Info)    -x
Info)    -y
Info)    -z
Info)    +x
Info)    +y
Info)    +z
Info)    The following options allow the use of solvent other than water:
Info)    -spsf (PSF file for nonstandard solvent)
Info)    -spdb (PDB file for nonstandard solvent)
Info)    -stop (Topology file for nonstandard solvent)
Info)    -ws (Box length for nonstandard solvent)
Info)    -ks (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)
請(qǐng)幫忙看一下哪里錯(cuò)了？

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4樓2011-03-30 10:37:33

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ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-03-30 12:47:55

引用回帖:

Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 10:37:33:
>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1? ...

這個(gè)不是錯(cuò)誤提示。呵呵！
　
error：開頭的那些行才是。

這些行的意思是告訴你solvate的用法。呵呵！　

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5樓2011-03-30 10:40:00

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嗚嗚，我是菜鳥啊

solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb 中-t 5是溶劑球？我把-t 5換為-x -y -z +x +y +z 5 也不行啊

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6樓2011-03-30 11:00:47

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引用回帖:

Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 11:00:47:
嗚嗚，我是菜鳥啊

solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb 中-t 5是溶劑球？我把-t 5換為-x -y -z +x +y +z 5 也不行啊

-x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5

就是一個(gè)邊長(zhǎng)為5，中心在原點(diǎn)的正方形盒子。呵呵！　

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7樓2011-03-30 11:03:24

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好的，謝謝，今下午上完課再試試，到時(shí)還要麻煩您��！請(qǐng)不吝賜教！十二萬分的感謝！

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8樓2011-03-30 13:03:32

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引用回帖:

7樓: Originally posted by superdirac at 2011-03-30 11:03:24
-x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5

就是一個(gè)邊長(zhǎng)為5，中心在原點(diǎn)的正方形盒子。呵呵！　...

您好，我也出現(xiàn)這種問題了，就是改不了方形的盒子！我把那句命令改成：solvate ubq.psf ubq.pdb -x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5 –o ubq_wb 還是不行唉，還是球體的，請(qǐng)問這是什么原因呢？多謝啦！

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9樓2014-02-27 17:27:19

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引用回帖:

8樓: Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 13:03:32
好的，謝謝，今下午上完課再試試，到時(shí)還要麻煩您啊！請(qǐng)不吝賜教！十二萬分的感謝！

我也出現(xiàn)了你這種問題

我把這句命令改成：solvate ubq.psf ubq.pdb -x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5 –o ubq_wb
可是還是不行哎，請(qǐng)問下你后來是怎么解決的呢

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飛躍吧

10樓2014-02-27 17:28:21

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