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sunnuan

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[交流] 【求助】NAMD求助已有5人參與

在VMD中調(diào)用solvate 1.4 后，輸入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，為什么圖形窗口中球形水體包圍蛋白沒(méi)有變?yōu)榱⒎叫蔚乃w包圍蛋白？且沒(méi)有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb兩個(gè)文件？
我是按照NAMD教程一步步來(lái)的，最近剛接觸NAMD軟件，周圍也沒(méi)有人用，請(qǐng)高手幫忙解答！

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1樓 2011-03-29 15:51:58

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ghcacj(金幣+1): 謝謝 2011-03-30 12:47:43

引用回帖:

Originally posted by sunnuan at 2011-03-29 15:51:58:
在VMD中調(diào)用solvate 1.4 后，輸入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，為什么圖形窗口中球形水體包圍蛋白沒(méi)有變?yōu)榱⒎叫蔚乃w包圍蛋白？且沒(méi)有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb兩個(gè)文件？
我是按照NA ...

加溶劑是 -x -y -z +x +y +z

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3樓2011-03-29 21:17:29

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superdirac

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ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-03-30 12:47:16

Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
......
Info)    -t (override with any of the following)
......
Info)    -x
Info)    -y
Info)    -z
Info)    +x
Info)    +y
Info)    +z

-t: 加的是溶劑球。
-x -y -z +x +y +z : 加的才是  溶劑盒子。

[ Last edited by superdirac on 2011-3-29 at 17:54 ]

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2樓2011-03-29 17:52:45

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sunnuan

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引用回帖:

Originally posted by superdirac at 2011-03-29 17:52:45:
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1?> <option2?>...
Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>... to just create a water box
Info) Options:
... ...

>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
Info)    -o (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)    -s (should be either one or two letters; default WT)
Info)    -b (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)    -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)    -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)    -rotsel (selection of atoms to check for rotation)
Info)    -rotinc (degree increment for rotation)
Info)    -t (override with any of the following)
Info)    -x
Info)    -y
Info)    -z
Info)    +x
Info)    +y
Info)    +z
Info)    The following options allow the use of solvent other than water:
Info)    -spsf (PSF file for nonstandard solvent)
Info)    -spdb (PDB file for nonstandard solvent)
Info)    -stop (Topology file for nonstandard solvent)
Info)    -ws (Box length for nonstandard solvent)
Info)    -ks (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)
請(qǐng)幫忙看一下哪里錯(cuò)了？

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4樓2011-03-30 10:37:33

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superdirac

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ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-03-30 12:47:55

引用回帖:

Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 10:37:33:
>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1? ...

這個(gè)不是錯(cuò)誤提示。呵呵！
　
error：開(kāi)頭的那些行才是。

這些行的意思是告訴你solvate的用法。呵呵！　

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5樓2011-03-30 10:40:00

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