神秘星球

NAMD的結(jié)果處理
如果只是通常的計(jì)算，NAMD的輸出文件一般主要只有兩種格式， *.dcd（軌跡文件） *.log （日志文件）
一般我是使用VMD這個(gè)軟件，來(lái)進(jìn)行結(jié)果統(tǒng)計(jì)分析。這個(gè)軟件及使用說(shuō)明（建議看UG）可以在NAMD官網(wǎng)下載到
VMD包含了一些現(xiàn)成的組件來(lái)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，當(dāng)然個(gè)人感覺(jué)VMD最強(qiáng)大之處在于它的可擴(kuò)展性，它有一個(gè)控制臺(tái)可以以命令的形式運(yùn)行自己編寫的腳本程序進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。并且程序提供了很多內(nèi)置的函數(shù)和命令，也可以自己寫腳本程序添加。在官網(wǎng)也可以搜索到別人寫的一些程序。
下邊補(bǔ)充一點(diǎn)關(guān)于tcl的信息
Tcl(最早稱為“工具命令語(yǔ)言”"Tool Command Language", 是一種腳本語(yǔ)言。由John Ousterhout創(chuàng)建。
簡(jiǎn)單易學(xué)，方便，即使無(wú)編程基礎(chǔ)也可以很短時(shí)間學(xué)會(huì)。

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7樓2014-05-13 09:42:38

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7樓: Originally posted by 915384165 at 2014-05-13 09:42:38
NAMD的結(jié)果處理
如果只是通常的計(jì)算，NAMD的輸出文件一般主要只有兩種格式， *.dcd（軌跡文件） *.log （日志文件）
一般我是使用VMD這個(gè)軟件，來(lái)進(jìn)行結(jié)果統(tǒng)計(jì)分析。這個(gè)軟件及使用說(shuō)明（建議看UG）可以在NAMD官網(wǎng) ...

我在打開(kāi).vel文件出錯(cuò)了，上面顯示inconsistent atom count.
我看官網(wǎng)上有一種解釋是我的.vel文件可能不是二進(jìn)制的，怎么判斷文件是不是二進(jìn)制的
那我該怎么降它轉(zhuǎn)為二進(jìn)制文件。

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0010

8樓2014-05-13 12:08:24

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915384165

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引用回帖:

8樓: Originally posted by 神秘星球 at 2014-05-13 12:08:24
我在打開(kāi).vel文件出錯(cuò)了，上面顯示inconsistent atom count.
我看官網(wǎng)上有一種解釋是我的.vel文件可能不是二進(jìn)制的，怎么判斷文件是不是二進(jìn)制的
那我該怎么降它轉(zhuǎn)為二進(jìn)制文件。...

弱弱的問(wèn)下 .vel 文件時(shí)干嘛用的？？？

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9樓2014-05-14 11:29:38

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9樓: Originally posted by 915384165 at 2014-05-14 11:29:38
弱弱的問(wèn)下 .vel 文件時(shí)干嘛用的？？？...

已經(jīng)解決了！速度文件

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10樓2014-05-14 14:33:28

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