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5樓2014-05-12 00:02:19
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NAMD的結(jié)果處理 如果只是通常的計(jì)算，NAMD的輸出文件一般主要只有兩種格式， *.dcd（軌跡文件） *.log （日志文件） 一般我是使用VMD這個(gè)軟件，來(lái)進(jìn)行結(jié)果統(tǒng)計(jì)分析。這個(gè)軟件及使用說(shuō)明（建議看UG）可以在NAMD官網(wǎng)下載到 VMD包含了一些現(xiàn)成的組件來(lái)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，當(dāng)然個(gè)人感覺(jué)VMD最強(qiáng)大之處在于它的可擴(kuò)展性， 它有一個(gè)控制臺(tái)可以以命令的形式運(yùn)行自己編寫(xiě)的腳本程序進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。并且程序提供了很多內(nèi)置的函數(shù)和命令，也可以自己寫(xiě)腳本程序添加。在官網(wǎng)也可以搜索到別人寫(xiě)的一些程序。 下邊補(bǔ)充一點(diǎn)關(guān)于tcl的信息 Tcl(最早稱為“工具命令語(yǔ)言”"Tool Command Language", 是一種腳本語(yǔ)言。 由John Ousterhout創(chuàng)建。 簡(jiǎn)單易學(xué)，方便，即使無(wú)編程基礎(chǔ)也可以很短時(shí)間學(xué)會(huì)。 |
7樓2014-05-13 09:42:38
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9樓2014-05-14 11:29:38
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10樓2014-05-14 14:33:28
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