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蝸牛pig清金蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于blast的一個(gè)問題 已有1人參與
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| 我想看看某個(gè)基因A在另一物種X中是否有同源基因，我先找到A然后blast比對(duì)，在結(jié)果中沒有X的信息，是否就能說明A基因在物種X中沒有同源基因？blast結(jié)果是否包含所有的結(jié)果？求指導(dǎo)�。。。。。。。≈x謝大家了！ |
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jlzheng1224
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2樓2015-06-01 16:25:58
liuderong
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【答案】應(yīng)助回帖
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wizardfan: 金幣+2, 感謝應(yīng)助 2015-06-02 06:58:34
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網(wǎng)頁版的 NCBI 的blast只顯示比對(duì)的部分結(jié)果，因?yàn)槿绻葘?duì)結(jié)果很多的話，加載要很長(zhǎng)時(shí)間。看兩物種的同源基因，首先判斷物種親緣關(guān)系，比如水稻和小麥就比和擬南芥親，如果親緣關(guān)系近，就用基因做blast，如果親緣關(guān)系遠(yuǎn)就最好翻譯成蛋白再比對(duì)。比對(duì)的時(shí)候，要找到你所指的X物種的基因組或者蛋白組，最好不要用NCBI默認(rèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)，因?yàn)槟菢幼龈蓴_信息太多，物種的同源基因會(huì)因?yàn)橥葱圆桓叨浑[去。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
3樓2015-06-01 21:32:12
蝸牛pig清
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4樓2015-06-01 23:21:46
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