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蝸牛pig清金蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于blast的一個(gè)問題 已有1人參與
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| 我想看看某個(gè)基因A在另一物種X中是否有同源基因，我先找到A然后blast比對，在結(jié)果中沒有X的信息，是否就能說明A基因在物種X中沒有同源基因？blast結(jié)果是否包含所有的結(jié)果？求指導(dǎo)�。。。。。。。≈x謝大家了！ |
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蝸牛pig清
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4樓2015-06-01 23:21:46
jlzheng1224
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2樓2015-06-01 16:25:58
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
蝸牛pig清: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝！ 2015-06-01 23:22:56
wizardfan: 金幣+2, 感謝應(yīng)助 2015-06-02 06:58:34
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網(wǎng)頁版的 NCBI 的blast只顯示比對的部分結(jié)果，因?yàn)槿绻葘Y(jié)果很多的話，加載要很長時(shí)間。看兩物種的同源基因，首先判斷物種親緣關(guān)系，比如水稻和小麥就比和擬南芥親，如果親緣關(guān)系近，就用基因做blast，如果親緣關(guān)系遠(yuǎn)就最好翻譯成蛋白再比對。比對的時(shí)候，要找到你所指的X物種的基因組或者蛋白組，最好不要用NCBI默認(rèn)的數(shù)據(jù)庫，因?yàn)槟菢幼龈蓴_信息太多，物種的同源基因會因?yàn)橥葱圆桓叨浑[去。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
3樓2015-06-01 21:32:12
wizardfan
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5樓2015-06-02 07:00:34
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