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numb123新蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于本地blast的問(wèn)題 已有2人參與
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求大神指導(dǎo)！我是用的單機(jī)版blast，輸出的txt文本只有1KB且沒有有用信息。不知道為什么會(huì)出現(xiàn)這樣的情況。 具體步驟如下： 我下載了blast-2.2.26-ia32-win32，下了nr數(shù)據(jù)庫(kù)，并把nr和我要測(cè)的序列復(fù)制到了bin文件夾中，把我要測(cè)序的序列命名為seqin，分別去掉了擴(kuò)展名。 在cmd中，到了bin，進(jìn)行fromatdb -i nr -p F，又輸入blastall -p blastn -i seqin.txt -d nr -e 0.0000000001 -o seqout.txt，可是最后輸出的txt都只有1KB，且沒有有用信息。 本人接觸blast沒幾天，上面的步驟都是我根據(jù)各種教材拼拼湊湊來(lái)的，我還屬于一竅不通狀態(tài)，不知道上面過(guò)程哪里出錯(cuò)了，如果整體不對(duì)望給出詳細(xì)過(guò)程～～謝謝啦！ [ Last edited by numb123 on 2014-7-18 at 21:17 ] |
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至尊木蟲 (著名寫手)
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kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2014-07-21 08:25:04
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/ nr你是怎么下載的？有沒有用update_blastdb？用了的話，那nr就可以直接用，不用formatdb。 你還是仔細(xì)看看文檔再說(shuō) |
2樓2014-07-20 07:17:16
3樓2014-07-20 08:13:11
4樓2014-07-21 06:39:17
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