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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 生物信息 » 關于本地blast的問題
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關于本地blast的問題 已有2人參與
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求大神指導！我是用的單機版blast，輸出的txt文本只有1KB且沒有有用信息。不知道為什么會出現(xiàn)這樣的情況。 具體步驟如下： 我下載了blast-2.2.26-ia32-win32，下了nr數(shù)據(jù)庫，并把nr和我要測的序列復制到了bin文件夾中，把我要測序的序列命名為seqin，分別去掉了擴展名。 在cmd中，到了bin，進行fromatdb -i nr -p F，又輸入blastall -p blastn -i seqin.txt -d nr -e 0.0000000001 -o seqout.txt，可是最后輸出的txt都只有1KB，且沒有有用信息。 本人接觸blast沒幾天，上面的步驟都是我根據(jù)各種教材拼拼湊湊來的，我還屬于一竅不通狀態(tài)，不知道上面過程哪里出錯了，如果整體不對望給出詳細過程～～謝謝啦！ [ Last edited by numb123 on 2014-7-18 at 21:17 ] |
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3樓2014-07-20 08:13:11
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
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- 專業(yè): 生物信息學
【答案】應助回帖
★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+2, 鼓勵交流 2014-07-21 08:25:04
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/ nr你是怎么下載的？有沒有用update_blastdb？用了的話，那nr就可以直接用，不用formatdb。 你還是仔細看看文檔再說 |
2樓2014-07-20 07:17:16
4樓2014-07-21 06:39:17
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