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處理高通量測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)遇到幾個(gè)問(wèn)題，請(qǐng)高手幫忙解答
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最近處理污水反應(yīng)器高通量測(cè)序的數(shù)據(jù)，之前不是搞這個(gè)方向的，有一些基本概念不是很清楚，請(qǐng)高手幫忙解答 （1）Unidentified和Unclassified的區(qū)別 請(qǐng)問(wèn)這兩個(gè)詞是不是一個(gè)意思？就是指通過(guò)16s rRNA比對(duì)之后未能與NCBI數(shù)據(jù)中已知的序列比對(duì)成功的數(shù)量？因?yàn)槲野l(fā)現(xiàn)文獻(xiàn)中用這兩個(gè)詞的都用，不知道在具體的概念上有沒(méi)有差異。 （2）Unidentified數(shù)量表達(dá)的意義是什么？ 在一些文獻(xiàn)中都會(huì)講到，有多少序列是Unidentified，這個(gè)數(shù)據(jù)占到總序列的百分之多少，請(qǐng)問(wèn)，這個(gè)數(shù)據(jù)說(shuō)明什么呢？大或者小分別代表什么意思？是說(shuō)明測(cè)序質(zhì)量的么？ （3）關(guān)于相似性（similarity）和一致性（identity）的區(qū)別 在DNA序列比對(duì)的時(shí)候有這兩個(gè)概念，通過(guò)查閱資料，我目前的理解是這樣的： 相似性用于劃分OTUs，嚴(yán)格的按照序列中堿基是否相同來(lái)計(jì)算。 一致性用于描述菌種之間的同源性，如果兩個(gè)菌株同源，可能有很高的一致性，但是不一定相似性很高。 不知我理解的對(duì)不對(duì)。 （4）高通量測(cè)序中Unidentified是如何確定的 這個(gè)問(wèn)題是與第（3）個(gè)問(wèn)題相關(guān)的，是不是意味著，測(cè)定序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中所有已知種屬的菌株序列進(jìn)行比對(duì)，相似性（注意不是一致性）低于設(shè)定值及可認(rèn)為Unidentified。 不知這個(gè)理解對(duì)不對(duì)。 以上問(wèn)題請(qǐng)高手不吝賜教啊，拜謝！ |
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