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yuehedou木蟲 (小有名氣)
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miRNA高通量測序分析時拷貝數(shù)的選取問題
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分析高通量測序的miRNA數(shù)據(jù)時，通過質(zhì)控的序列在進入后續(xù)分析（conserved，novel等的分析預測）時，對拷貝數(shù)（count數(shù)）有沒有要求？ 我在文獻中看到有人全部拿去分析，有人去除了單拷貝，還有人甚至只用10拷貝以上的序列。 歡迎指教、討論！ |
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 miRNA測序數(shù)據(jù)分析 |
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growlywolf
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2樓2014-04-26 20:19:15
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miRBase有這樣的建議： (1) Multiple reads (10–20 are commonly used cutoffs) support the presence of the mature microRNA (preferably from multiple independent experiments); (2) The reads map to an extended sequence region (e.g. an assembled contig), and the sequence flanking the putative mature microRNA folds to form a microRNA precursor-like hairpin with strong pairing between the mature microRNA and the opposite arm. Reads that map very many times to a genome sequence should be discarded; (3) Mapped reads do not overlap other annotated transcripts (i.e. there is no evidence that the short readsmay represent fragments of mRNAs or other known RNA types); (4) Reads mapping to a locus support consistent processing of the 5'-end of the mature sequence (for example, the majority of reads overlapping a given mature microRNA annotation should have the same 5'-end; the 3'-end may be significantly more variable); and (5) Ideally, reads will support the presence of mature sequences from both arms of the predicted hairpin (so-called miR and miR* sequences), and the putative mature sequences should base-pair with the correct 3'-overhang. miRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing data |
3樓2014-04-27 10:47:13
yuehedou
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4樓2014-04-27 14:52:49
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5樓2014-04-27 14:54:29
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