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請問哪位大神會用R軟件計(jì)算微生物多樣性指數(shù)？ 已有1人參與
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請問哪位大神會用R軟件計(jì)算微生物多樣性指數(shù)？我的一些高通量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)想做一些特殊的分析，為此需要學(xué)習(xí)一下用R軟件計(jì)算微生物多樣性指數(shù)， 請會做的大神把詳細(xì)的過程寫給我好嗎？非常感謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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library(vegan) otu=read.table("otu.txt",header=T) otu=otu.matrix(otu)#將數(shù)據(jù)類型轉(zhuǎn)化為矩陣 Shannon.Wiener <- diversity(otu,index="shannon"  #計(jì)算香農(nóng)指數(shù)Simpson <- diversity(otu,index="simpson" Inverse.Simpson <- diversity(otu,index="inv" S <- specnumber(otu)#計(jì)算物種累計(jì)數(shù) plot(S) J <- Shannon.Wiener/log(S) #計(jì)算Pielou均勻度指數(shù) J |
2樓2015-07-06 09:54:17
【答案】應(yīng)助回帖
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otu=read.table("otu.txt",header=T) otu=otu.matrix(otu) #將數(shù)據(jù)類型轉(zhuǎn)化為矩陣 Shannon.Wiener <- diversity(otu,index="shannon" #計(jì)算香農(nóng)指數(shù)Simpson <- diversity(otu,index="simpson" Inverse.Simpson <- diversity(otu,index="inv" S <- specnumber(otu) #計(jì)算物種累計(jì)數(shù) plot(S) J <- Shannon.Wiener/log(S) #計(jì)算Pielou均勻度指數(shù) J |
3樓2015-07-06 09:56:13
4樓2015-07-06 09:57:14
tanglianfa
金蟲 (著名寫手)
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5樓2021-05-15 11:22:42
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