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solarman新蟲 (正式寫手)
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[求助]
vasp成功安裝后運(yùn)行時(shí)出現(xiàn)Segmentation fault (signal 11)錯誤，求指教 已有3人參與
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vasp并行安裝成功，cpu是xeon 2630v3×2，64G內(nèi)存，機(jī)器上同時(shí)安裝了mpich2和openmpi，但which mpif90后顯示：/opt/software/mpich2-intel/bin/mpif90 同樣，which mpirun后顯示：/opt/software/mpich2-intel/bin/mpirun 表明實(shí)際使用的mpi是mpich2的。 同時(shí)還安裝了fftw庫。 運(yùn)行了數(shù)個(gè)vasp作業(yè)，均出現(xiàn)以下信息： ===================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 11 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES ===================================================================================== APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11) 將makefile的設(shè)置貼出來，請大家?guī)兔纯�，究竟是哪里出了問題？多謝了！ SUFFIX=.f90 FC=mpif90 FCL=$(FC) CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX) CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collectiveK FFLAGS = -FR -names lowercase -assume byterecl OFLAG=-O2 -ip OFLAG_HIGH = $(OFLAG) OBJ_HIGH = OBJ_NOOPT = DEBUG = -FR -O0 INLINE = $(OFLAG) MKLROOT=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/intel64 IFC_LIB_PATH=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64 BLAS=-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lmkl_lapack95_lp64 LAPACK= $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \ ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \ $(BLAS) LINK = FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/mathlib/fftw-3.3.3/lib/libfftw3.a INCS = -I/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl/include/fftw |
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wmy8802217
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2樓2015-06-20 11:15:45
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solarman(ben_ladeng代發(fā)): 金幣+4, 辛苦了 2015-06-22 08:41:24
solarman(ben_ladeng代發(fā)): 金幣+4, 辛苦了 2015-06-22 08:41:24
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就是這個(gè)問題，請不要兩者都寫到.bashrc下面 你可以這樣（為了方便我只是簡單表示），本來如果是這樣的形式： export OPENMPI_PATH export MPICH_PATH 你可以改寫一下，如使用OPENMPI的時(shí)候 export OPENMPI_PATH #export MPICH_PATH 之后重新source ~/.bashrc 而使用MPICH的時(shí)候 #export OPENMPI_PATH export MPICH_PATH 之后重新source ~/.bashrc 或者索性把bashrc這兩條都刪了，然后在~/下面建立兩個(gè)sh文件，比如openmpi.sh和mpich.sh，把兩條分別加入其中，使用的時(shí)候source一下，或者索性就直接手工export |
8樓2015-06-20 16:59:20
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# by default some intel compilers put temporaries on the stack # this might lead to segmentation faults is the stack limit is set to low # stack limits can be increased by sysadmins or e.g with ulimit -s 256000 # furthermore new ifort (10.0?) compilers support the option # -heap-arrays 64 # add this to the compilation flags is the other options do not work －－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－ 默認(rèn)的話一些intel編譯器會把緩存寫到堆棧里，如果堆棧限制比較小，就會導(dǎo)致segmentation faults錯誤�？梢杂霉芾韱T權(quán)限來增加堆棧大小或者使用-heap-arrays 64（ifort10以上。 |
14樓2015-06-22 09:49:52
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運(yùn)行ulimit -a unlimited后，顯示 core file size (blocks, -c) 0 data seg size (kbytes, -d) unlimited scheduling priority (-e) 0 file size (blocks, -f) unlimited pending signals (-i) 257702 max locked memory (kbytes, -l) 64 max memory size (kbytes, -m) unlimited open files (-n) 1024 pipe size (512 bytes, -p) 8 POSIX message queues (bytes, -q) 819200 real-time priority (-r) 0 stack size (kbytes, -s) unlimited cpu time (seconds, -t) unlimited max user processes (-u) 1024 virtual memory (kbytes, -v) unlimited file locks (-x) unlimited 可以看到cpu時(shí)間和運(yùn)行內(nèi)存都是不受限的，是否存在其他原因？ |
3樓2015-06-20 12:38:49
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謝謝，我再按照你說的做一遍吧，另外，看了下我的openmpi的bin目錄下，可執(zhí)行文件怎么都變成符號鏈接了呢？比如mpif90實(shí)際指向mpiifort，而mpirun指向orterun，如下： lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpic++ -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpicc -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpiCC -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpicc-vt -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpiCC-vt -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpic++-vt -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpicxx -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpicxx-vt -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 7 6月 11 05:13 mpiexec -> orterun lrwxrwxrwx. 1 root root 7 6月 11 05:13 mpif77 -> mpifort lrwxrwxrwx. 1 root root 10 6月 11 05:13 mpif77-vt -> mpifort-vt lrwxrwxrwx. 1 root root 7 6月 11 05:13 mpif90 -> mpifort lrwxrwxrwx. 1 root root 10 6月 11 05:13 mpif90-vt -> mpifort-vt lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpifort -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 12 6月 11 05:13 mpifort-vt -> opal_wrapper lrwxrwxrwx. 1 root root 7 6月 11 05:13 mpirun -> orterun lrwxrwxrwx. 1 root root 10 6月 11 05:13 ompi-clean -> orte-clean -rwxr-xr-x. 1 root root 81577 6月 9 2014 ompi_info lrwxrwxrwx. 1 root root 7 6月 11 05:13 ompi-ps -> orte-ps lrwxrwxrwx. 1 root root 11 6月 11 05:13 ompi-server -> orte-server lrwxrwxrwx. 1 root root 8 6月 11 05:13 ompi-top -> orte-top 這些符號鏈接還是可執(zhí)行文件嗎？會對編譯和運(yùn)行產(chǎn)生什么影響呢？多謝了。 |
9樓2015-06-20 19:34:38
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