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[求助]
困擾很久的難題-結構變形嚴重-SiO2 已有4人參與
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大家好，這個問題困擾了我很長時間，請大家?guī)臀铱纯词悄睦锏膯栴}吧，多謝。 問題是這樣的，我想模擬水溶液環(huán)境下納米物質在SiO2表面的吸附。但是程序運行的時候總是丟失原子，而且我發(fā)現(xiàn)是SiO2變形較大，因而我首先判斷是SiO2的問題。所以我將SiO2單獨拿出來模擬。首先懷疑是兩方面原因，一個是初始模型不合理，因而我試用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同時也將模型的大小做了一些調整，例如試用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一個是勢函數(shù)不合理，因而我試用了BKS，tersoff及comb勢，其中BKS也采用了table。但是結果仍然不合理。我將其中一組模擬結果黏貼在附件里，有兩張圖片，第一張是初始構型，第二張是運行50000步之后的結構。請大家?guī)兔�，謝謝！圖片直接上傳不上去，給大家造成的麻煩請諒解 |
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2015-07-17 16:13:45, 688.83 K
2015-07-17 16:13:53, 688.83 K
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6樓2015-07-20 19:02:39
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【答案】應助回帖
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感謝參與，應助指數(shù) +1
jane8556: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-09-17 09:46:50
感謝參與，應助指數(shù) +1
jane8556: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-09-17 09:46:50
| 模擬原子丟失應該是邊界條件處理的問題吧！個人認為和勢函數(shù)以及模擬區(qū)域沒有關系。因為在勢函數(shù)的選取可以說別人給定的，模擬區(qū)域的大小只影響計算的模擬時間，怎么都不會影響到模擬體系的原子數(shù)目的變化的。道理上就講不通，建議：不要意味的用軟件，好好的把道理想明白。目的搞清楚。軟件中的細節(jié)弄明白。一知半解自然錯誤多多。 |
jane85562樓2015-07-18 08:39:15
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4樓2015-07-18 12:57:12
5樓2015-07-19 20:46:30
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jane8556: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-09-17 09:59:04
jane8556: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-09-17 09:59:04
 Can't type Chinese in this computer, not on purpose . I also think something must be wrong in the input file. I simulated SiO2 by BKS and Charmm force field, and the structure was ok. And also, can you visualize the structure by using VDW? It's hard to see what happens from the snapshot you pasted. |
7樓2015-07-21 02:50:21
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8樓2015-07-21 04:05:15
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您好，麻煩再幫我看看行嗎？ 我把input和data文件貼在下面： dimension 3 boundary p p p units metal atom_style full read_data data.deposition # Buck potentials pair_style hybrid buck/coul/long 11.0 lj/cut 12.0 kspace_style pppm 1.0e-4 kspace_modify mesh 24 24 30 order 6 pair_coeff 1 1 buck/coul/long 1388.7730 0.3623 175.000 pair_coeff 1 2 buck/coul/long 18003.7572 0.2052 133.5381 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.0 0.0 neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 delay 0 check yes velocity all create 100.0 9999999 rot yes dist gaussian fix 1 all nvt temp 100.0 100.0 0.01 drag 2.0 restart 50000 restart.*.zuizhong timestep 0.00001 thermo_style custom step temp press etotal ke pe thermo 100 dump 1 all custom 100 dump.deposition1 type x y z run 100000 ####################################### data file: LAMMPS Atom File(deposition) 6075 atoms 0 bonds 0 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 0 bond types 0 angle types 0 dihedral types 5.108 74.253 xlo xhi 2.943 116.85 ylo yhi 3.897 25.474 zlo zhi -36.825 0.0 0.0 xy xz yz Masses 1 15.9994 2 28.0900 Atoms 1 1 2 2.4 10.153 42.767 6.897 2 1 1 -1.2 8.747 43.254 7.526 3 1 2 2.4 10.316 40.312 10.498 4 1 1 -1.2 10.597 43.762 11.128 5 1 2 2.4 8.108 44.136 8.698 6 1 1 -1.2 9.233 45.11 9.327 7 1 1 -1.2 9.872 41.307 11.67 8 1 1 -1.2 11.236 42.656 8.068 9 1 1 -1.2 11.722 40.799 9.869 10 1 2 2.4 10.153 42.767 12.299 11 1 1 -1.2 8.747 43.254 12.928 12 1 2 2.4 10.316 40.312 15.9 13 1 1 -1.2 10.597 43.762 16.53 14 1 2 2.4 8.108 44.136 14.1 15 1 1 -1.2 9.233 45.11 14.729 16 1 1 -1.2 9.872 41.307 17.072 17 1 1 -1.2 11.236 42.656 13.47 18 1 1 -1.2 11.722 40.799 15.271 19 1 2 2.4 10.153 42.767 17.701 20 1 1 -1.2 8.747 43.254 18.33 21 1 2 2.4 10.316 40.312 21.302 22 1 1 -1.2 10.597 43.762 21.932 23 1 2 2.4 8.108 44.136 19.502 24 1 1 -1.2 9.233 45.11 20.131 25 1 1 -1.2 9.872 41.307 22.474 26 1 1 -1.2 11.236 42.656 18.872 27 1 1 -1.2 11.722 40.799 20.673 28 1 2 2.4 10.153 47.678 6.897 29 1 1 -1.2 8.747 48.165 7.526 30 1 2 2.4 10.316 45.223 10.498 31 1 1 -1.2 10.597 48.672 11.128 32 1 2 2.4 8.108 49.047 8.698 33 1 1 -1.2 9.233 50.021 9.327 34 1 1 -1.2 9.872 46.217 11.67 35 1 1 -1.2 11.236 47.566 8.068 36 1 1 -1.2 11.722 45.71 9.869 37 1 2 2.4 10.153 47.678 12.299 38 1 1 -1.2 8.747 48.165 12.928 39 1 2 2.4 10.316 45.223 15.9 40 1 1 -1.2 10.597 48.672 16.53 41 1 2 2.4 8.108 49.047 14.1 42 1 1 -1.2 9.233 50.021 14.729 43 1 1 -1.2 9.872 46.217 17.072 44 1 1 -1.2 11.236 47.566 13.47 45 1 1 -1.2 11.722 45.71 15.271 46 1 2 2.4 10.153 47.678 17.701 47 1 1 -1.2 8.747 48.165 18.33 48 1 2 2.4 10.316 45.223 21.302 49 1 1 -1.2 10.597 48.672 21.932 50 1 2 2.4 8.108 49.047 19.502 51 1 1 -1.2 9.233 50.021 20.131 52 1 1 -1.2 9.872 46.217 22.474 53 1 1 -1.2 11.236 47.566 18.872 54 1 1 -1.2 11.722 45.71 20.673 55 1 2 2.4 10.153 52.588 6.897 56 1 1 -1.2 8.747 53.075 7.526 57 1 2 2.4 10.316 50.133 10.498 58 1 1 -1.2 10.597 53.582 11.128 59 1 2 2.4 8.108 53.957 8.698 60 1 1 -1.2 9.233 54.931 9.327 61 1 1 -1.2 9.872 51.127 11.67 62 1 1 -1.2 11.236 52.476 8.068 63 1 1 -1.2 11.722 50.62 9.869 64 1 2 2.4 10.153 52.588 12.299 65 1 1 -1.2 8.747 53.075 12.928 66 1 2 2.4 10.316 50.133 15.9 67 1 1 -1.2 10.597 53.582 16.53 68 1 2 2.4 8.108 53.957 14.1 69 1 1 -1.2 9.233 54.931 14.729 70 1 1 -1.2 9.872 51.127 17.072 71 1 1 -1.2 11.236 52.476 13.47 ............................................................................. SiO2的勢函數(shù)為tersoff時，將勢函數(shù)類型及參數(shù)變動如下： pair_style tersoff pair_coeff * * SiO.tersoff Si O 麻煩幫我看看是否正確，多謝！ |
9樓2015-09-17 09:58:33
snowislands
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