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困擾很久的難題-結(jié)構(gòu)變形嚴(yán)重-SiO2 已有4人參與
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大家好，這個問題困擾了我很長時間，請大家?guī)臀铱纯词悄睦锏膯栴}吧，多謝。 問題是這樣的，我想模擬水溶液環(huán)境下納米物質(zhì)在SiO2表面的吸附。但是程序運行的時候總是丟失原子，而且我發(fā)現(xiàn)是SiO2變形較大，因而我首先判斷是SiO2的問題。所以我將SiO2單獨拿出來模擬。首先懷疑是兩方面原因，一個是初始模型不合理，因而我試用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同時也將模型的大小做了一些調(diào)整，例如試用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一個是勢函數(shù)不合理，因而我試用了BKS，tersoff及comb勢，其中BKS也采用了table。但是結(jié)果仍然不合理。我將其中一組模擬結(jié)果黏貼在附件里，有兩張圖片，第一張是初始構(gòu)型，第二張是運行50000步之后的結(jié)構(gòu)。請大家?guī)兔�，謝謝！圖片直接上傳不上去，給大家造成的麻煩請諒解 |
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2015-07-17 16:13:45, 688.83 K
2015-07-17 16:13:53, 688.83 K
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送紅花一朵 
3樓2015-07-18 09:46:36
chuntao118
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【答案】應(yīng)助回帖
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| 模擬原子丟失應(yīng)該是邊界條件處理的問題吧！個人認(rèn)為和勢函數(shù)以及模擬區(qū)域沒有關(guān)系。因為在勢函數(shù)的選取可以說別人給定的，模擬區(qū)域的大小只影響計算的模擬時間，怎么都不會影響到模擬體系的原子數(shù)目的變化的。道理上就講不通，建議：不要意味的用軟件，好好的把道理想明白。目的搞清楚。軟件中的細節(jié)弄明白。一知半解自然錯誤多多。 |
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2樓2015-07-18 08:39:15
聲夢奇緣001
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4樓2015-07-18 12:57:12
5樓2015-07-19 20:46:30
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