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[求助]
困擾很久的難題-結(jié)構(gòu)變形嚴(yán)重-SiO2 已有4人參與
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大家好，這個(gè)問(wèn)題困擾了我很長(zhǎng)時(shí)間，請(qǐng)大家?guī)臀铱纯词悄睦锏膯?wèn)題吧，多謝。 問(wèn)題是這樣的，我想模擬水溶液環(huán)境下納米物質(zhì)在SiO2表面的吸附。但是程序運(yùn)行的時(shí)候總是丟失原子，而且我發(fā)現(xiàn)是SiO2變形較大，因而我首先判斷是SiO2的問(wèn)題。所以我將SiO2單獨(dú)拿出來(lái)模擬。首先懷疑是兩方面原因，一個(gè)是初始模型不合理，因而我試用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同時(shí)也將模型的大小做了一些調(diào)整，例如試用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一個(gè)是勢(shì)函數(shù)不合理，因而我試用了BKS，tersoff及comb勢(shì)，其中BKS也采用了table。但是結(jié)果仍然不合理。我將其中一組模擬結(jié)果黏貼在附件里，有兩張圖片，第一張是初始構(gòu)型，第二張是運(yùn)行50000步之后的結(jié)構(gòu)。請(qǐng)大家?guī)兔�，謝謝！圖片直接上傳不上去，給大家造成的麻煩請(qǐng)諒解 |
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2015-07-17 16:13:45, 688.83 K
2015-07-17 16:13:53, 688.83 K
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jane8556: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-09-17 09:46:50
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| 模擬原子丟失應(yīng)該是邊界條件處理的問(wèn)題吧！個(gè)人認(rèn)為和勢(shì)函數(shù)以及模擬區(qū)域沒(méi)有關(guān)系。因?yàn)樵趧?shì)函數(shù)的選取可以說(shuō)別人給定的，模擬區(qū)域的大小只影響計(jì)算的模擬時(shí)間，怎么都不會(huì)影響到模擬體系的原子數(shù)目的變化的。道理上就講不通，建議：不要意味的用軟件，好好的把道理想明白。目的搞清楚。軟件中的細(xì)節(jié)弄明白。一知半解自然錯(cuò)誤多多。 |
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jane85562樓2015-07-18 08:39:15
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