 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (921)
- >考研 (89)
- >導(dǎo)師招生 (53)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (49)
- >基金申請(qǐng) (25)
- >休閑灌水 (14)
- >碩博家園 (9)
- >經(jīng)濟(jì)學(xué) (6)
- >博后之家 (6)
- >文獻(xiàn)求助 (6)
- >教師之家 (5)
- >微米和納米 (4)
- >考博 (4)
- >論文投稿 (4)
- >找工作 (3)
- >公派出國(guó) (2)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2217 | 回復(fù): 8 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿(mǎn)足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話(huà)題的所有回帖 | ||
jianchuanliu金蟲(chóng) (初入文壇)
|
[求助]
NVT時(shí)出現(xiàn)here is no domain decomposition for 30 nodes 已有1人參與
|
|
|
急��！ Gromacs！ NVT時(shí)出現(xiàn)here is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm 錯(cuò)誤如何解決啊，我的gro和mdp文件在附件里。 做的是碳納米管加乙醇甲醇仿真。 謝謝 大神的解答！ error.png |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲(chóng)僅提供交流平臺(tái)，不對(duì)該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶(hù)自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識(shí)產(chǎn)權(quán)問(wèn)題，其責(zé)任在于用戶(hù)本人，如對(duì)版權(quán)有異議，請(qǐng)聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : all.gro
- 附件 2 : nvt.mdp
2015-07-20 17:25:43, 437.44 K
2015-07-20 17:38:16, 1.72 K
» 猜你喜歡
本人考085602 化學(xué)工程 專(zhuān)碩
已經(jīng)有23人回復(fù)
-
求調(diào)劑院校信息
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工306
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286分人工智能專(zhuān)業(yè)請(qǐng)求調(diào)劑愿意跨考！
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(qǐng)(333分)
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
269專(zhuān)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
jianchuanliu
金蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在線(xiàn): 48.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2924195
- 注冊(cè): 2014-01-10
- 專(zhuān)業(yè): 化學(xué)動(dòng)力學(xué)
3樓2015-07-21 08:14:47
angjzy
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1745.2
- 散金: 1491
- 紅花: 5
- 帖子: 251
- 在線(xiàn): 172.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 647898
- 注冊(cè): 2008-11-06
- 專(zhuān)業(yè): 藥物材料
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jianchuanliu: 金幣+15, ★有幫助 2015-07-22 07:53:13
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jianchuanliu: 金幣+15, ★有幫助 2015-07-22 07:53:13
|
就是你模擬的時(shí)候，nodes 數(shù)目30并不能被整除，查看一下mdrun生成的log file， 里面有一行 The maximum allowed number of cells is : x a y b z c % a b c 是數(shù)字 你設(shè)置的30 個(gè)nodes數(shù)目是能整除a b c就可以 |
2樓2015-07-21 00:14:38
jianchuanliu
金蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在線(xiàn): 48.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2924195
- 注冊(cè): 2014-01-10
- 專(zhuān)業(yè): 化學(xué)動(dòng)力學(xué)
|
log文件里你說(shuō)的那行是 Initializing Domain Decomposition on 32 nodes Dynamic load balancing: no Will sort the charge groups at every domain (re)decomposition Initial maximum inter charge-group distances: two-body bonded interactions: 4.558 nm, LJ-14, atoms 742 1195 multi-body bonded interactions: 4.549 nm, Angle, atoms 742 1176 Minimum cell size due to bonded interactions: 5.013 nm Guess for relative PME load: 0.06 Will use 30 particle-particle and 2 PME only nodes This is a guess, check the performance at the end of the log file Using 2 separate PME nodes, as guessed by mdrun Optimizing the DD grid for 30 cells with a minimum initial size of 5.013 nm The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 1 ------------------------------------------------------- Program mdrun, VERSION 4.6.5 Source code file: /build/buildd/gromacs-4.6.5/src/mdlib/domdec.c, line: 6913 Fatal error: There is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm Change the number of nodes or mdrun option -rdd Look in the log file for details on the domain decomposition For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- "What's Your Definition Of Dirty ?" (G. Michael) |
4樓2015-07-21 08:42:50
angjzy
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1745.2
- 散金: 1491
- 紅花: 5
- 帖子: 251
- 在線(xiàn): 172.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 647898
- 注冊(cè): 2008-11-06
- 專(zhuān)業(yè): 藥物材料
5樓2015-07-21 18:48:44
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0805 316求調(diào)劑 +3 | 大雪深藏 2026-03-18 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 13341 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 勇敢的小吳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 26考研一志愿中國(guó)石油大學(xué)(華東)305分求調(diào)劑 +6 | 嘉年新程 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +4 | 某某某某位 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專(zhuān)業(yè)求調(diào)劑 +6 | hanamiko 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +4 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600 +9 | Ncdx123456 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑 +5 | tcxiaoxx 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +3 | 困困困困坤坤 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)求調(diào)劑 +4 | Stella_Yao 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +7 | 困于星晨 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 298-一志愿中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑 +9 | 手機(jī)用戶(hù) 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料考研調(diào)劑 +3 | xwt。 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +4 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 12/600 |
|
|
|
[碩博家園] 湖北工業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)與健康學(xué)院-課題組招收2026級(jí)食品/生物方向碩士 +3 | 1喜春8 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料專(zhuān)碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 小賈同學(xué)123 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +3 | 聽(tīng)風(fēng)就是雨； 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|