 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2212 | 回復(fù): 8 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
jianchuanliu金蟲(chóng) (初入文壇)
|
[求助]
NVT時(shí)出現(xiàn)here is no domain decomposition for 30 nodes 已有1人參與
|
|
|
急��！ Gromacs！ NVT時(shí)出現(xiàn)here is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm 錯(cuò)誤如何解決啊，我的gro和mdp文件在附件里。 做的是碳納米管加乙醇甲醇仿真。 謝謝 大神的解答！ error.png |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲(chóng)僅提供交流平臺(tái)，不對(duì)該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識(shí)產(chǎn)權(quán)問(wèn)題，其責(zé)任在于用戶本人，如對(duì)版權(quán)有異議，請(qǐng)聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : all.gro
- 附件 2 : nvt.mdp
2015-07-20 17:25:43, 437.44 K
2015-07-20 17:38:16, 1.72 K
» 猜你喜歡
求調(diào)劑院校信息
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工306
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286分人工智能專(zhuān)業(yè)請(qǐng)求調(diào)劑愿意跨考！
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(qǐng)(333分)
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
269專(zhuān)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料學(xué)碩301分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
angjzy
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1745.2
- 散金: 1491
- 紅花: 5
- 帖子: 251
- 在線: 172.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 647898
- 注冊(cè): 2008-11-06
- 專(zhuān)業(yè): 藥物材料
5樓2015-07-21 18:48:44
angjzy
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1745.2
- 散金: 1491
- 紅花: 5
- 帖子: 251
- 在線: 172.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 647898
- 注冊(cè): 2008-11-06
- 專(zhuān)業(yè): 藥物材料
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jianchuanliu: 金幣+15, ★有幫助 2015-07-22 07:53:13
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jianchuanliu: 金幣+15, ★有幫助 2015-07-22 07:53:13
|
就是你模擬的時(shí)候，nodes 數(shù)目30并不能被整除，查看一下mdrun生成的log file， 里面有一行 The maximum allowed number of cells is : x a y b z c % a b c 是數(shù)字 你設(shè)置的30 個(gè)nodes數(shù)目是能整除a b c就可以 |
2樓2015-07-21 00:14:38
jianchuanliu
金蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在線: 48.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2924195
- 注冊(cè): 2014-01-10
- 專(zhuān)業(yè): 化學(xué)動(dòng)力學(xué)
3樓2015-07-21 08:14:47
jianchuanliu
金蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在線: 48.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2924195
- 注冊(cè): 2014-01-10
- 專(zhuān)業(yè): 化學(xué)動(dòng)力學(xué)
|
log文件里你說(shuō)的那行是 Initializing Domain Decomposition on 32 nodes Dynamic load balancing: no Will sort the charge groups at every domain (re)decomposition Initial maximum inter charge-group distances: two-body bonded interactions: 4.558 nm, LJ-14, atoms 742 1195 multi-body bonded interactions: 4.549 nm, Angle, atoms 742 1176 Minimum cell size due to bonded interactions: 5.013 nm Guess for relative PME load: 0.06 Will use 30 particle-particle and 2 PME only nodes This is a guess, check the performance at the end of the log file Using 2 separate PME nodes, as guessed by mdrun Optimizing the DD grid for 30 cells with a minimum initial size of 5.013 nm The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 1 ------------------------------------------------------- Program mdrun, VERSION 4.6.5 Source code file: /build/buildd/gromacs-4.6.5/src/mdlib/domdec.c, line: 6913 Fatal error: There is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm Change the number of nodes or mdrun option -rdd Look in the log file for details on the domain decomposition For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- "What's Your Definition Of Dirty ?" (G. Michael) |
4樓2015-07-21 08:42:50
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +13 | 冬十三 2026-03-15 | 14/700 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +5 | 諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)覬?/a> 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +12 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑0854 +3 | assdll 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級(jí)已過(guò) 本科山東雙非 求調(diào)劑！ +3 | 不想理你 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +6 | △小透明* 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境專(zhuān)碩，總分308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 材料與化工 322求調(diào)劑
+4
|
然11 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +6 | 懷瑾握瑜l 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學(xué) 學(xué)碩 354求調(diào)劑211或者雙一流 +3 | 我想要讀研究生 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 招收博士1-2人 +3 | QGZDSYS 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085410人工智能專(zhuān)碩317求調(diào)劑（0854都可以） +4 | xbxudjdn 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
320求調(diào)劑0856
+3
|
不想起名字112 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項(xiàng)核心論文五項(xiàng)專(zhuān)利，省、國(guó)級(jí)證書(shū)40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
0854，計(jì)算機(jī)類(lèi)招收調(diào)劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +3 | 志存高遠(yuǎn)意在機(jī)?/a> 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|