 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 3996 | 回復(fù): 13 | ||||||||
Catherine-ru金蟲 (小有名氣)
|
[交流]
常見生物信息分析要用到的基因數(shù)據(jù)庫 已有13人參與
|
|||||||
|
以下是整理的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫和軟件資源列表，希望對microRNA的研究者有所幫助。 （1）miRBase：眾所周知的microRNA基因注釋數(shù)據(jù)庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預(yù)測軟件的鏈接（如：PicTar）。網(wǎng)址：http://www.mirbase.org/ （2）starBase：一個高通量實驗數(shù)據(jù)CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫，整合和構(gòu)建多個流行的靶標預(yù)測軟件的交集和調(diào)控關(guān)系。 網(wǎng)址：http://starbase.sysu.edu.cn/ （3）Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://microrna.gr/tarbase/ （4）miRecords：一個整合的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。整合多個靶標預(yù)測軟件的調(diào)控關(guān)系。網(wǎng)址：http://mirecords.biolead.org/ （5）targetScan:基于靶mRNA序列的進化保守等特征搜尋動物的microRNA靶基因。是預(yù)測microRNA靶標假陽性率較低的軟件。而且是microRNA領(lǐng)域大牛Bartel實驗室開發(fā)的。網(wǎng)址：http://www.targetscan.org/ （6）PicTar：基于microRNA或microRNA靶標聯(lián)合作用等特征開發(fā)的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領(lǐng)域大牛Rajewsky實驗室開發(fā)的。網(wǎng)址：http://pictar.mdc-berlin.de/ （7）PITA：基于靶位點的可接性（target-site accessibility）和自由能預(yù)測microRNA的靶標。是著名的生物信息學(xué)家Segal實驗室開發(fā)的。網(wǎng)址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html （8）RNA22：基于序列特征預(yù)測microRNA的結(jié)合位點。是幾個流行的microRNA靶標預(yù)測軟件的其中一個。IBM公司的研究團隊開發(fā)的。網(wǎng)址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html （9）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開發(fā)的軟件和數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://www.microrna.org/microrna/home.do （10）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實驗室開發(fā)的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。 網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ （11）miRTarBase：整合實驗證實的microRNA靶標的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html （12）miRGator v2.0：整合microRNA表達、靶標和疾病相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ （13）MiRNAMap:動物的microRNA基因及其靶標的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ （14）miRDB: 動物microRNA靶標預(yù)測和功能注釋數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://mirdb.org/miRDB/ （15）RNAhybrid：一個基于miRNA-target配對自由能預(yù)測microRNA的靶標。網(wǎng)址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ （16）miRGen：microRNA基因和microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html 其中數(shù)據(jù)庫中全面和更新快的有： miRBase：http://mirbase.org/index.shtml starBase: http://starbase.sysu.edu.cn/ miRecords: http://mirecords.biolead.org/ miRTarBase: http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html 預(yù)測軟件假陽性率低的有：targetScan：http://www.targetscan.org/ PicTar:http://pictar.mdc-berlin.de/ （17）最后奉上一個搜索基因、Pumbed、樣本并且可以一鍵式分析的網(wǎng)站，不需要下載任何軟件直接在網(wǎng)頁上就可以進行數(shù)據(jù)分析的網(wǎng)站：www.gcbi.com.cn。并且這個網(wǎng)站是國內(nèi)的，有中文頁面，操作起來也方便的多。 Pumbed：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/index 基因：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/dictSearch/VFA1Mw基因相關(guān)信息顯示更全，瀏覽起來也方便的多。 樣本：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/pubmed/detail/25307862 樣本搜索，包括GEO所有樣本，直接發(fā)送到實驗室進行分析，沒有樣本沒有錢又想做科研的人撿到寶了。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 收藏 | 文獻讀經(jīng) | 分子生物學(xué)基礎(chǔ)知識 | 高通量測序 |
| 生物信息學(xué) |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有277人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設(shè)計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 實驗室化學(xué)品純化手冊
已經(jīng)有876人回復(fù)
- 國藥審評中心的一些文件 分享一下
已經(jīng)有27人回復(fù)
- 武漢國華高考復(fù)讀學(xué)校：生物常見考點及命題趨勢
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 申報生產(chǎn)常見問答--國家局
已經(jīng)有37人回復(fù)
- 基因工程課程小結(jié)
已經(jīng)有20人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)載】IBT口語2010年解析及2011年試題走向
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 【資料】續(xù)：眾多生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫，總有你需要的，
已經(jīng)有23人回復(fù)
- 【索引】醫(yī)學(xué)網(wǎng)站
已經(jīng)有9人回復(fù)
2樓2015-08-04 14:57:33
3樓2015-08-04 16:04:57
zhaodahe
木蟲 (正式寫手)
- MolEPI: 1
- 應(yīng)助: 220 (大學(xué)生)
- 金幣: 1796.6
- 紅花: 7
- 帖子: 461
- 在線: 378.5小時
- 蟲號: 552612
- 注冊: 2008-04-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物遺傳學(xué)
4樓2015-08-04 16:24:18
weiyounuli
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1237.9
- 帖子: 56
- 在線: 14.7小時
- 蟲號: 3453829
- 注冊: 2014-10-03
- 專業(yè): 草地科學(xué)
5樓2015-08-04 20:22:05
送紅花一朵
 |
6樓2015-08-05 10:22:37
7樓2015-08-06 19:13:34
8樓2015-08-06 19:34:35
|
贊 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
9樓2015-08-06 19:48:04
cjhaoren
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 15 (小學(xué)生)
- 金幣: 2173.3
- 散金: 1420
- 紅花: 3
- 帖子: 1878
- 在線: 308小時
- 蟲號: 1816806
- 注冊: 2012-05-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 基因組學(xué)
10樓2015-08-08 08:48:10
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 Catherine-ru 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿華東理工大學(xué)081700，初試分數(shù)271 +3 | kotoko_ik 2026-03-23 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | 余意卿 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 一志愿070300浙大化學(xué)358分，求調(diào)劑！
+4
|
酥酥魚.. 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +12 | 申子申申 2026-03-19 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 289材料與化工（085600）B區(qū)求調(diào)劑 +3 | 這么名字咋樣 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調(diào)劑 +11 | 梨花珞晚風(fēng) 2026-03-17 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 0805 316求調(diào)劑 +3 | 大雪深藏 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +3 | 喜歡還是不甘心 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | www_q 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +4 | WayneLim327 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！ +3 | 不想理你 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +6 | △小透明* 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 294求調(diào)劑材料與化工專碩 +15 | 陌の森林 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +4 | @taotao 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)求調(diào)劑 +4 | Stella_Yao 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +11 | Ymlll 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5 | 1孫悟空 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|