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Catherine-ru金蟲 (小有名氣)
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[交流]
常見生物信息分析要用到的基因數(shù)據(jù)庫 已有13人參與
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以下是整理的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫和軟件資源列表，希望對(duì)microRNA的研究者有所幫助。 （1）miRBase：眾所周知的microRNA基因注釋數(shù)據(jù)庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標(biāo)的預(yù)測(cè)軟件的鏈接（如：PicTar）。網(wǎng)址：http://www.mirbase.org/ （2）starBase：一個(gè)高通量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測(cè)序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫，整合和構(gòu)建多個(gè)流行的靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的交集和調(diào)控關(guān)系。 網(wǎng)址：http://starbase.sysu.edu.cn/ （3）Tarbase：一個(gè)收集已被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://microrna.gr/tarbase/ （4）miRecords：一個(gè)整合的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。整合多個(gè)靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的調(diào)控關(guān)系。網(wǎng)址：http://mirecords.biolead.org/ （5）targetScan:基于靶mRNA序列的進(jìn)化保守等特征搜尋動(dòng)物的microRNA靶基因。是預(yù)測(cè)microRNA靶標(biāo)假陽性率較低的軟件。而且是microRNA領(lǐng)域大牛Bartel實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的。網(wǎng)址：http://www.targetscan.org/ （6）PicTar：基于microRNA或microRNA靶標(biāo)聯(lián)合作用等特征開發(fā)的搜尋動(dòng)物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領(lǐng)域大牛Rajewsky實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的。網(wǎng)址：http://pictar.mdc-berlin.de/ （7）PITA：基于靶位點(diǎn)的可接性（target-site accessibility）和自由能預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)。是著名的生物信息學(xué)家Segal實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的。網(wǎng)址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html （8）RNA22：基于序列特征預(yù)測(cè)microRNA的結(jié)合位點(diǎn)。是幾個(gè)流行的microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的其中一個(gè)。IBM公司的研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)的。網(wǎng)址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html （9）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開發(fā)的軟件和數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://www.microrna.org/microrna/home.do （10）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。 網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ （11）miRTarBase：整合實(shí)驗(yàn)證實(shí)的microRNA靶標(biāo)的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html （12）miRGator v2.0：整合microRNA表達(dá)、靶標(biāo)和疾病相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ （13）MiRNAMap:動(dòng)物的microRNA基因及其靶標(biāo)的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ （14）miRDB: 動(dòng)物microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)和功能注釋數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://mirdb.org/miRDB/ （15）RNAhybrid：一個(gè)基于miRNA-target配對(duì)自由能預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)。網(wǎng)址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ （16）miRGen：microRNA基因和microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html 其中數(shù)據(jù)庫中全面和更新快的有： miRBase：http://mirbase.org/index.shtml starBase: http://starbase.sysu.edu.cn/ miRecords: http://mirecords.biolead.org/ miRTarBase: http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html 預(yù)測(cè)軟件假陽性率低的有：targetScan：http://www.targetscan.org/ PicTar:http://pictar.mdc-berlin.de/ （17）最后奉上一個(gè)搜索基因、Pumbed、樣本并且可以一鍵式分析的網(wǎng)站，不需要下載任何軟件直接在網(wǎng)頁上就可以進(jìn)行數(shù)據(jù)分析的網(wǎng)站：www.gcbi.com.cn。并且這個(gè)網(wǎng)站是國內(nèi)的，有中文頁面，操作起來也方便的多。 Pumbed：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/index 基因：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/dictSearch/VFA1Mw基因相關(guān)信息顯示更全，瀏覽起來也方便的多。 樣本：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/pubmed/detail/25307862 樣本搜索，包括GEO所有樣本，直接發(fā)送到實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行分析，沒有樣本沒有錢又想做科研的人撿到寶了。 |
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2樓2015-08-04 14:57:33
3樓2015-08-04 16:04:57
zhaodahe
木蟲 (正式寫手)
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4樓2015-08-04 16:24:18
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8樓2015-08-06 19:34:35
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9樓2015-08-06 19:48:04
cjhaoren
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10樓2015-08-08 08:48:10
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