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Catherine-ru金蟲 (小有名氣)
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[交流]
常見生物信息分析要用到的基因數據庫 已有13人參與
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以下是整理的microRNA靶標數據庫和軟件資源列表，希望對microRNA的研究者有所幫助。 （1）miRBase：眾所周知的microRNA基因注釋數據庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟件的鏈接（如：PicTar）。網址：http://www.mirbase.org/ （2）starBase：一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標數據庫，整合和構建多個流行的靶標預測軟件的交集和調控關系。 網址：http://starbase.sysu.edu.cn/ （3）Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標數據庫。網址：http://microrna.gr/tarbase/ （4）miRecords：一個整合的microRNA靶標數據庫。整合多個靶標預測軟件的調控關系。網址：http://mirecords.biolead.org/ （5）targetScan:基于靶mRNA序列的進化保守等特征搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟件。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發(fā)的。網址：http://www.targetscan.org/ （6）PicTar：基于microRNA或microRNA靶標聯合作用等特征開發(fā)的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發(fā)的。網址：http://pictar.mdc-berlin.de/ （7）PITA：基于靶位點的可接性（target-site accessibility）和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發(fā)的。網址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html （8）RNA22：基于序列特征預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟件的其中一個。IBM公司的研究團隊開發(fā)的。網址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html （9）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開發(fā)的軟件和數據庫。網址：http://www.microrna.org/microrna/home.do （10）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實驗室開發(fā)的microRNA靶標數據庫。 網址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ （11）miRTarBase：整合實驗證實的microRNA靶標的數據庫。網址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html （12）miRGator v2.0：整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的數據庫。網址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ （13）MiRNAMap:動物的microRNA基因及其靶標的數據庫。網址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ （14）miRDB: 動物microRNA靶標預測和功能注釋數據庫。網址：http://mirdb.org/miRDB/ （15）RNAhybrid：一個基于miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標。網址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ （16）miRGen：microRNA基因和microRNA靶標數據庫。網址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html 其中數據庫中全面和更新快的有： miRBase：http://mirbase.org/index.shtml starBase: http://starbase.sysu.edu.cn/ miRecords: http://mirecords.biolead.org/ miRTarBase: http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html 預測軟件假陽性率低的有：targetScan：http://www.targetscan.org/ PicTar:http://pictar.mdc-berlin.de/ （17）最后奉上一個搜索基因、Pumbed、樣本并且可以一鍵式分析的網站，不需要下載任何軟件直接在網頁上就可以進行數據分析的網站：www.gcbi.com.cn。并且這個網站是國內的，有中文頁面，操作起來也方便的多。 Pumbed：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/index 基因：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/dictSearch/VFA1Mw基因相關信息顯示更全，瀏覽起來也方便的多。 樣本：https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/pubmed/detail/25307862 樣本搜索，包括GEO所有樣本，直接發(fā)送到實驗室進行分析，沒有樣本沒有錢又想做科研的人撿到寶了。 |
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