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轉(zhuǎn)錄因子 已有2人參與
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| 本人并非生物學(xué)出身，對(duì)轉(zhuǎn)錄因子不是很了解，現(xiàn)在看文獻(xiàn)時(shí)有一個(gè)疑惑。作者實(shí)驗(yàn)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方法證實(shí)響應(yīng)細(xì)胞外營(yíng)養(yǎng)元素A缺乏的若干上調(diào)基因是由轉(zhuǎn)錄因子B調(diào)控的，而A缺乏條件下轉(zhuǎn)錄因子B的基因表達(dá)量沒有發(fā)生改變。請(qǐng)問轉(zhuǎn)錄因子B可能是怎樣調(diào)控這些基因表達(dá)的呢（這個(gè)在文獻(xiàn)中并沒有提到過）？謝謝 |
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gaoxiang6803
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| 轉(zhuǎn)錄因子（多為蛋白），本身的表達(dá)和在胞內(nèi)的濃度是可以不隨其效應(yīng)物/營(yíng)養(yǎng)物的濃度變化而發(fā)生變化。比如說轉(zhuǎn)錄因子B在細(xì)胞內(nèi)濃度不變，但當(dāng)A充足的時(shí)候，其沒有活性(eg:A與B結(jié)合，可以抑制轉(zhuǎn)錄因子B結(jié)合其靶基因)，當(dāng)A缺乏時(shí)，A從轉(zhuǎn)錄因子B中解離下來，解除抑制，B就可以激活靶基因表達(dá)，使其轉(zhuǎn)錄上調(diào) |
2樓2015-08-11 12:31:31
3樓2015-08-11 14:07:41
gaoxiang6803
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4樓2015-08-12 07:41:03
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hello everyone, i have finished differential expression analysis of my RNA-seq data and retrieve the transcripts of transcription factors(TF) from differentially expressed unigenes and non differentially expressed unigenes. then i have categorized those TFs to different TF families. then i realized there are many TFs sequences which blong to the same TF family overly expressed than some other TF families, some parts of my data: TF_families Differential Unchanged AP-2 0 2 ARID 2 5 bHLH 8 67 CG-1 1 1 COE 0 2 CP2 0 4 CSD 0 4 CSL 0 1 CUT 1 6 DDT 0 1 DM 0 6 E2F 0 3 ETS 2 10 Fork_head 2 22 . . . and i wanna find most expressed TF families in my DE TF sets. i saw a several papers analysed this kind of data and they used fisher's exact test for that. i searched some materials about fisher's exact test, but in those example fisher's test used for 2x2 contingency table, no more. here i still have no idea how to use fisher's test to my data. so could anyone explain to me how could i do solve this and is there any tool i can use for the analysis ? any suggestion would be highly appreciated. |
5樓2015-09-06 19:08:44
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