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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 生物化學 » 轉錄因子
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轉錄因子 已有2人參與
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| 本人并非生物學出身，對轉錄因子不是很了解，現(xiàn)在看文獻時有一個疑惑。作者實驗用轉錄組測序方法證實響應細胞外營養(yǎng)元素A缺乏的若干上調基因是由轉錄因子B調控的，而A缺乏條件下轉錄因子B的基因表達量沒有發(fā)生改變。請問轉錄因子B可能是怎樣調控這些基因表達的呢（這個在文獻中并沒有提到過）？謝謝 |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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hello everyone, i have finished differential expression analysis of my RNA-seq data and retrieve the transcripts of transcription factors(TF) from differentially expressed unigenes and non differentially expressed unigenes. then i have categorized those TFs to different TF families. then i realized there are many TFs sequences which blong to the same TF family overly expressed than some other TF families, some parts of my data: TF_families Differential Unchanged AP-2 0 2 ARID 2 5 bHLH 8 67 CG-1 1 1 COE 0 2 CP2 0 4 CSD 0 4 CSL 0 1 CUT 1 6 DDT 0 1 DM 0 6 E2F 0 3 ETS 2 10 Fork_head 2 22 . . . and i wanna find most expressed TF families in my DE TF sets. i saw a several papers analysed this kind of data and they used fisher's exact test for that. i searched some materials about fisher's exact test, but in those example fisher's test used for 2x2 contingency table, no more. here i still have no idea how to use fisher's test to my data. so could anyone explain to me how could i do solve this and is there any tool i can use for the analysis ? any suggestion would be highly appreciated. |
5樓2015-09-06 19:08:44
gaoxiang6803
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2樓2015-08-11 12:31:31
3樓2015-08-11 14:07:41
gaoxiang6803
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4樓2015-08-12 07:41:03
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