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suibingkuai銅蟲 (初入文壇)
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分子動(dòng)力學(xué)模擬中的重現(xiàn)性問(wèn)題 已有2人參與
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我在用NAMD模擬一個(gè)蛋白時(shí)，發(fā)現(xiàn)了它的某個(gè)conformation transition，據(jù)文獻(xiàn)，這個(gè)conformation transition如果采用unbiased MD，需要microsecond ~ millisecond 級(jí)別的時(shí)間才能采集到。我做的是200 ns的MD，也許是運(yùn)氣太好了？ 為了重現(xiàn)幾次，增加說(shuō)服力，我采用同樣的體系，稍稍改變初始條件，重復(fù)做了6次也未能得到類似的結(jié)果。 請(qǐng)教大家，這種情況常見嗎？如果僅僅用這一條軌跡來(lái)發(fā)paper，審稿人會(huì)不會(huì)質(zhì)疑？ 謝謝 P.S. 有人建議采用跟原來(lái)完全相同的參數(shù)（包括random seed）進(jìn)行重復(fù)運(yùn)算。但不知這樣做有意義嗎？是否會(huì)跑出跟原來(lái)一模一樣的軌跡？ |
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chuntao118
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4樓2015-08-15 19:12:27
chuntao118
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
suibingkuai(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2015-08-15 18:22:56
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
suibingkuai(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2015-08-15 18:22:56
| 因?yàn)樵贛D 模擬是會(huì)出現(xiàn)類似的情況，但是你要確定要明確你研究的意義，同時(shí)要能夠在相同條件下重現(xiàn)你的有意義的結(jié)果（在誤差范圍內(nèi)），因?yàn)镸D 模擬的穩(wěn)定條件，邊界條件，隨機(jī)數(shù)等都會(huì)對(duì)模擬的結(jié)果有些許的影響。但是你的結(jié)果必須要在等同條件能夠重現(xiàn)！否則就不對(duì)。至于你說(shuō)的模擬時(shí)間比較短，個(gè)人觀點(diǎn)：1、要保證同等條件結(jié)果可以重現(xiàn)，2、要明確你模擬的穩(wěn)定條件的選擇，3、最好能夠?qū)崿F(xiàn)在相似條件下有類似的結(jié)論，4、給出合理有意義的物理機(jī)理解釋，5、當(dāng)然要是有實(shí)驗(yàn)結(jié)果比較也行，寫文章關(guān)鍵是要?jiǎng)?chuàng)新點(diǎn)要明確！ |
2樓2015-08-15 11:47:41
suibingkuai
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3樓2015-08-15 15:51:15
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5樓2015-08-16 17:09:25
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