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suibingkuai銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
分子動力學模擬中的重現(xiàn)性問題 已有2人參與
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我在用NAMD模擬一個蛋白時，發(fā)現(xiàn)了它的某個conformation transition，據文獻，這個conformation transition如果采用unbiased MD，需要microsecond ~ millisecond 級別的時間才能采集到。我做的是200 ns的MD，也許是運氣太好了？ 為了重現(xiàn)幾次，增加說服力，我采用同樣的體系，稍稍改變初始條件，重復做了6次也未能得到類似的結果。 請教大家，這種情況常見嗎？如果僅僅用這一條軌跡來發(fā)paper，審稿人會不會質疑？ 謝謝 P.S. 有人建議采用跟原來完全相同的參數（包括random seed）進行重復運算。但不知這樣做有意義嗎？是否會跑出跟原來一模一樣的軌跡？ |
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【答案】應助回帖
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感謝參與，應助指數 +1
suibingkuai(月只藍代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵交流 2015-08-15 18:22:56
感謝參與，應助指數 +1
suibingkuai(月只藍代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵交流 2015-08-15 18:22:56
| 因為在MD 模擬是會出現(xiàn)類似的情況，但是你要確定要明確你研究的意義，同時要能夠在相同條件下重現(xiàn)你的有意義的結果（在誤差范圍內），因為MD 模擬的穩(wěn)定條件，邊界條件，隨機數等都會對模擬的結果有些許的影響。但是你的結果必須要在等同條件能夠重現(xiàn)！否則就不對。至于你說的模擬時間比較短，個人觀點：1、要保證同等條件結果可以重現(xiàn)，2、要明確你模擬的穩(wěn)定條件的選擇，3、最好能夠實現(xiàn)在相似條件下有類似的結論，4、給出合理有意義的物理機理解釋，5、當然要是有實驗結果比較也行，寫文章關鍵是要創(chuàng)新點要明確！ |
2樓2015-08-15 11:47:41
suibingkuai
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3樓2015-08-15 15:51:15
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4樓2015-08-15 19:12:27
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